我国行政机关的设置情况，不可避免如下问题：
1、不能保证复议结果合法、公正。
首先，这种设置明显不符合“不作自己法官”的一般公正原则。无论是同级人民政府，还是上一级人民政府或是主管机关，都是行政系统内部的，存在相互维护，甚至在做出具体行政行为时，早已汇报、沟通，最后要对自己的行为裁决正确与否，公正性就令人置疑，尤其是自己对自己的复议，有的行政决定的批准者，也是行政复议决定的批准者，在这种情况下，要中立、公正，实非易事。据有关资料反映， 我国复议机关对复议案件的纠正率并不高。据工商行政管理部门的统计，1995——1999年间，全国8951件行政复议案件，结果维持的案件有3546 件，占总案件的40%，除了不予受理、撤回、撤销和变更的以外，其中纠正率仅占复议案件的19%.
其次，我国《行政复议法》所规定的复议机关， 实际复议时是行政复议机关，平时则是行政机关。法律没有规定其如何设置，应当具备什么要求，实践中复议机关通常还有很多其他工作，往往还比复议工作重要，这就很难保证认真处理纠纷;同时，法律不规定设立一个专职行政复议机关(即使是在行政系统内)的法律条件，只能说明对复议工作的形式主义。
2、复议机构的人员从人事和待遇等方面均受制于行政长官，不可能独立公正裁决。
复议机构的人员都是在行政长官领导下工作，并且是法律所要求的，如海关行政复议实施办法就明确规定了这种行政长官领导下的复议机构工作制， 有些法规尽管不像该《办法》规定得这样明确，但复议机构就设在行政机关内部，人员是自己的人员，有层层的分管领导，所以，复议决定最终由行政长官决定，即使不明文规定，也是一种现实存在。
另外，我国《行政复议法》对于行政机关内部的处分和人事调整，只能申诉，但未规定可以提起行政诉讼，这就使行政机关的内部人员所组成的复议机构，更不敢违背行政长官的决定，否则会有不利人事后果的可能性，并直接影响工资待遇，且这种行政处理只能在行政机关内部解决，无法寻求司法救济。
因此，复议人员要独立公正不受行政长官影响是绝难实现的。
3、复议机构人员的素质，影响纠纷处理的合法公正性。
行政复议，对于法律知识的要求与行政诉讼应是同样的，只有这样，才能保证复议结果的公正合法，才能切实保障申请人的合法权益，起到复议制度设置的作用。而且，从目前的法律规定来看，有一些行政纠纷，复议机关所做的决定即是终局的，这样对于复议机构的人员素质要求就更高。
从目前的法律规定来看，复议机关的决定为终局的，主要有：1、《行政复议法》规定的终局裁决案件。一是国务院所作的终局裁决; 二是省、自治区、直辖市人民政府对行政区划的勘定、调整或者征用土地的决定，以及确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的行政复议决定。2、《行政复议法》所规定的收案范围超出《行政诉讼法》所规定的收案范围的部分，该部分《行政复议法》虽未规定复议决定为终局的，但因不在行政诉讼的范围内，事实上复议决定就是终局的。如：复议机关对抽象行政行为所做的处理决定;再如《集会游行示威法》第13条规定，对主管机关不许可的决定不服可以向同级人民政府申请复议，但未规定对复议不服可提起行政诉讼。
但是，我国复议机构的人员不仅由行政机关内部人员担任，且这些人员大多并不具备法律资格，日常的行政工作，又使他们无法专心于法律的学习、提高。例如现在政府中的复议机构为法制办，组成人员并非法律人士，更多的是行政人员，本身就欠缺复议工作所要求的丰富的法律知识;另外，行政长官并不具备相当的法律知识水平，却起决定作用，这如何保证复议决定的法律水准。
我国入世后，行政复议就更应当符合WTO的要求，在《关贸总协定》、《服务贸易总协定》《政府采购协议》等文件中，都有关于对行政行为给予救济的规定， 复议也是救济的一种，对此的要求主要是公正、透明，独立，且司法是最终裁判，对照这些要求，我国目前行政复议机关的设置显然是不合要求的，尤其是欠缺独立性、公正性和有些行政复议为终局等方面。
