行政复议调解是判断性调解，其自愿达成的和解协议需要有权机关再次判断其合法性。在调解过程中，行政复议办案人员要运用法律规范性来分析双方的法律事实关系，并用法律规范来判断双方要求是否合理，在此过程中，法律的规定始终应该是核心，决不能为了达成协议而跨越法律的界限，既不能允许行政官员出于个人政治利益的考虑打着化解纠纷、平息矛盾的旗号出卖国家利益，也不能允许行政机关借合意之名，以强制力为后盾压制相对方的合法要求。
首先，对行政性目标的追求是行政复议调解制度的优势所在。2007年《中华人民共和国行政复议法实施条例》将行政复议调解制度确立下来，应该说是为了适应中国经济社会发展的重要变化，是为了满足各种社会矛盾集中凸显，社会结构深刻变动、利益格局深刻调整、思想观念深刻变化的背景下，维护社会和谐与稳定的需求，是整个中国社会转型时期的一个片段、一个细节。具体来说，复议制度能够从幕后走到台前，主要是因为其行政性功能的发挥，也即其在化解社会矛盾，特别是化解官民冲突方面的实用性。“在新的历史条件下，行政争议多发的状态已经成为影响社会发展的主要矛盾，这一阶段的矛盾有它自己的特点。一是行政机关的行政权极不完整，并非所有的行政决定都是由行政机关作出的，有一部分实际上是党和政府同时做的，也有一部分公权力的行使是由企事业单位和自治组织做的，解决其他内部的行政争议和行政决策相关联的行政争议，如果靠单一的司法救济的途径看来，有力不从心的方面。二是行政机关的依法行政尚处于初级阶段，法律还没有成为评价行政行为的唯一标准。有一些法外的行为也要进行合法性和合理性的评价，需要以法律为平台更加的弹性”。
以上我们对各地规范性文件的制度文本的分析可以看到各地的复议调解规定非常重视行政性目标，各地的实践也非常注重复议调解在减缓矛盾、平息纠纷方面的功能。 2008年吉林省受理并审结的1289件行政复议案件中，运用行政复议调解方式结案的占38%，而这些案件都是在《行政复议法》规定的2个月期限内审结的。松原市政府在2008年对城市进行大批改造，其中涉及动迁的家庭近万户，一时间因为动迁补偿问题有近800多户申请行政复议，松原市政府在对这些案件进行行政复议中，将行政复议调解与听证有效的结合起来，最终95%达成调解协议，城市改造全部按期完成，保证了当地在城市改造过程中的社会稳定。2008 年长春市政府受理67件行政复议案件，通过调解结案的案件中，调解成功率达到了100%，行政复议调解书履行率达到了97%。仅有一件由于客观原因没有得到执行。而不在行政复议调解范围内，通过作出行政复议决定结案的54件案件中，上诉率达到31%，继续走上访途经的占11%在《湖北省行政复议调解处理办法》、《吉林省行政复议调解办法》中分别规定了社会敏感、矛盾尖锐等重大案件适用行政复议调解，这说明行政复议调解在解决社会重大问题，促进社会和谐的功能中的作用，通过制度加以确认。江西省、杭州市、吉林市等地也都有类似的规定。
其次，现阶段我们应高度关注行政复议调解的价值性目标，特别关注其中的法律示范目标。无疑，对行政性目标的追求是行政复议调解制度的优势所在，必须坚持，但是一个制度的有效性并不能证明其正当性。“对于行政复议，从政治家的角度看，有实用主义的倾向，无论是法律平台还是非法律平台，只要解决问题就可以。”单纯的实用主义对于建设社会主义法治国家是危险的。退一步，我们追求行政复议调解的行政性目标，也必须追求的是目标实现的有效性和长期性，这样我们就必须在重视其行政性目标的同时，关注其价值性目标。
在实践中一些行政复议调解组织者对调解的意思自治、平等参与、合意抉择、合法规范等原则不重视，民主意识较弱，在行政复议调解过程中往往仅注重调解结果，而不关心调解过程中体现出来的民主理念，平等意识等内容，这对该制度的发展与构建是很不利的。实践中也出现复议人员与行政纠纷双方当事人共同串通而损害社会公共利益和他人合法权益，或者复议机关、行政机关利用其优越地位来强迫管理相对人接受其不公平的条款甚至霸王条款等现象。表面上纠纷得以解决，实际带来更严重的隐患。作为治理的有效手段，行政复议调解必须以合法性为前提。行政复议调解不同于民事争议的调解，在私法领域，原则上，私人合意高于法律规定。而在行政纠纷中，双方合意的有效性必须以不侵害国家利益、公共利益和他人利益为前提，也即行政争议一方(行政机关)的意志自由是有限的，因为它处置的并非个人权益。
