实践中，有观点认为，除非法律另有规定，未经不动产登记机构登记就不能取得及享有不动产物权，不动产物权争议涉及登记就应通过行政诉讼解决，因此导致实践中出现了民事、行政审判部门互相推诿以及民事裁判与行政裁判冲突的现象。针对这一情况，《解释》规定因不动产物权的归属，以及作为不动产物权登记基础的买卖、赠与、抵押等产生争议而提起诉讼的，人民法院民事审判部门应依法予以审理，并明确，对发生争议的不动产物权归属的最终判断，应当依赖于对原因行为或基础关系的审查，如当事人有证据证明不动产登记簿的记载与真实权利状态不符、其为该不动产物权的真实权利人的情况下，应当支持其诉讼请求。
程新文表示，不动产登记是不动产物权的公示方式，是当事人不动产物权发生变动的意思表示推动的结果，不能把不动产登记理解为国家对不动产物权关系进行的干预或行政权力对不动产物权的授权或确认。涉不动产登记民事诉讼的诉讼标的应当是针对不动产物权的归属或原因行为（买卖、赠与、抵押等基础法律关系），涉不动产登记行政诉讼的诉讼标的针对的是登记行为本身，即在行政诉讼中人民法院审查的是登记行为的合法性。
