由于我国的民事诉讼立法和证据立法滞后，虽然在民事诉讼法中规定了鉴定结论这种证据形式，但与之相配套的鉴定制度却至今未能建立。使得在知识产权诉讼中大量出现的鉴定工作在目前的鉴定体制下暴露出诸多问题。具体表现在：
1、委托繁杂。
2、委托鉴定的事项范围不统一。
3、鉴定结论称谓不规范。
4、鉴定人员水平不齐。
5、鉴定依据不明确。
6、鉴定规则制度不完备。
这些问题的出现，对知识产权诉讼造成了许多不利影响。
其一，增加了当事人的诉讼负担。知识产权诉讼制度本身具有很强的专业性，专业鉴定无规范、无程序、无标准以及重复鉴定、多次鉴定的现状，拖延了诉讼审理时间，增加了诉讼费用，提高了当事人的诉讼成本。
其二，造成了审判权让渡。理论上对专业鉴定的法律性质没有明确，实践中造成认识上的混乱。一些法官出于对法定鉴定机构及其行政级别，或者对权威 专家的盲目信任，习惯性地将鉴定结论视为一种优于其他证据的形式，不经实质审查判断，无条件地将鉴定结论作为审判的依据。也有一些鉴定机构不能分清职责， 在鉴定结论中甚至作出司法认定。
其三，孳生了新的司法腐败。一方面，专业鉴定的混乱给少部分司法人员提供了暗箱操作的机会;另一方面，有些鉴定机构拜金主义思想严重，出具模棱两可，甚至虚假的鉴定结论。败坏了司法的公正和权威。
对于知识产权诉讼中的专业鉴定的上述现状，最高人民法院也曾以会议纪要形式提出指导意见，该纪要规定：
1、人民法院可以根据审理案件的实际需要，决定是否进行专业鉴定。
2、如果没有法定鉴定部门，可以由当事人自行协商选择鉴定部门进 行鉴定;协商不成的，人民法院根据需要可以指定有一定权威的专业组织为鉴定部门，也可以委托国家科学技术部或各省(自治区、直辖市)主管部门组织专家进行 鉴定，但不应委托国家知识产权局、国家工商行政管理局商标局、国家版权局进行专业鉴定。
3、鉴定部门和鉴定人应当鉴定专业技术问题，对所提交鉴定的事实问题发表意见。
4、 人民法院应当就当事人争议的专业技术事实，向鉴定部门提出明确的鉴定事项和鉴定要求;应当将当事人提供的与鉴定事项有关的全部证据、材料提交给鉴定部门; 当事人提交并要求保密的材料，鉴定部门和鉴定人负有保密义务。人民法院应当向当事人告知鉴定部门的名称以及鉴定人的身份，当事人有权对鉴定部门提出异议， 也有权要求鉴定人回避。
