不论是在实务界还是在理论界，对司法鉴定的性质一直存在不同的认识。有观点认为，鉴定是侦查破案的重要手段，是侦查工作的组成部分；也有观点认为，鉴定是法院审判职能的一部分，各级法院应建立鉴定机构。
为了明确界定司法鉴定的性质，《决定》第一条规定：“司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。”我国三大诉讼法都规定，鉴定结论是证据种类之一。刑事诉讼中侦查机关为了发现犯罪、查证犯罪而进行的自主鉴定，犯罪嫌疑人、被告人、辩护人申请进行的鉴定，或者民事诉讼、行政诉讼中当事人委托进行的鉴定，其目的都是为了获取相关证据，都是鉴定人运用科学技术或者专门知识对某一专门性问题进行检验、鉴别和判断的活动。这一活动既不是行政行为，也不属于检察和审判职权的范畴。需要注意的是，《决定》调整的范围是“诉讼活动”中的鉴定，包括刑事诉讼、民事诉讼、行政诉讼中的鉴定，不包括仲裁案件的鉴定以及其他日常生活中的鉴定。
《决定》要求，申请登记从事司法鉴定业务的人员，必须具备下列条件之一：具有与所申请从事的司法鉴定业务相关的高级专业技术职称；具有与所申请从事的司法鉴定业务相关的专业执业资格或者高等院校相关专业本科以上学历，从事相关工作五年以上；具有与所申请从事的司法鉴定业务相关工作十年以上经历，具有较强的专业技能。但是因故意犯罪或者职务过失犯罪受过刑事处罚的，受过开除公职处分的，以及被撤销鉴定人登记的人员，不得从事司法鉴定业务。
申请从事司法鉴定业务的法人或者其他组织，应当具备下列条件：有明确的业务范围；有在业务范围内进行司法鉴定所必需的仪器、设备；有在业务范围内进行司法鉴定所必需的依法通过计量认证或者实验室认可的检测实验室；每项司法鉴定业务有三名以上鉴定人。
这些条件为申请从事司法鉴定的人员和机构设定了明确的资质标准，有利于推动司法鉴定工作的统一规范管理。
目前，我国法院、检察院、公安机关内部都设立有鉴定机构。根据司法鉴定活动的性质，《决定》要求，除侦查机关为侦查犯罪提供技术鉴定支持而在内部设立的鉴定部门外，其他从事司法鉴定业务的机构都应当独立于审判机关、司法行政部门之外。法院是国家的审判机关，职责是审查判断包括鉴定结论在内的案件证据、依据案件事实和法律进行裁判，不宜自行进行司法鉴定。司法行政机关作为司法鉴定的行政管理部门，为了保证执法公正，也不应设立鉴定机构。因此，《决定》特别规定：人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构。
在侦查过程中，鉴定是调查取证的重要手段，是准确、及时查明案件的重要保障。因此，侦查机关根据侦查工作的需要在内部设立鉴定机构是必要的。这里的“侦查机关”，是指行使侦查权的机关，包括公安机关、人民检察院等。
为了保证诉讼的公正性，同时考虑到国家关于政法机关不得从事经营性活动的规定，《决定》又强调，“侦查机关根据侦查工作的需要设立的鉴定机构，不得面向社会接受委托从事司法鉴定业务。”这里有两点需要注意：一是不得面向社会提供鉴定业务的是“侦查机关根据侦查工作的需要设立的鉴定机构”，指的是侦查机关内部直接为侦查工作服务而设立的鉴定机构，不包括有关机关所属的事业单位。这些事业单位不是侦查机关为了侦查工作的需要而设立的，是独立的事业单位，它们经过《决定》规定的登记手续后，在国家司法行政部门管理监督下，可以面向社会接受委托提供鉴定业务。二是“侦查机关根据侦查工作的需要设立的鉴定机构”，只是不得面向社会接受委托，但并不意味着只能办理自行侦查的案件。这些侦查机关内部的鉴定机构，可以接受其他国家机关的委托，对有关事项进行鉴定。鉴定是一项专业性很强、技术要求很高的活动，不同侦查机关的鉴定机构，由于在人员、设备等方面的差异，技术特长也不一样，如公安部门的鉴定机构对弹痕、毒物等方面的鉴定能力很强，检察机关的鉴定机构对文痕类的鉴定能力较强。为侦查工作的需要，侦查机关内部设立的鉴定机构可以接受其他国家机关的委托进行鉴定。
关于鉴定机构之间的关系，《决定》规定：各鉴定机构之间没有隶属关系。这意味着各鉴定机构都是依法设立、可以依法接受委托为他人提供鉴定意见的独立组织。各鉴定机构之间法律地位平等，互不隶属，没有高低之分，所作的鉴定意见也无高低之分。鉴定是运用技术或专门知识进行鉴别和判断的活动，其性质上是一种科学实证活动，鉴定结论只是证据的一种，都需要法院最终审查判断其可采性和证明力，不存在级别高低之分。
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