根据鉴定费用之证据调查费用、诉讼费用的法律性质可知，鉴定费用的收取和负担应遵循民事诉讼费用制度的原则性规定。一方面，鉴定人对法院负有公法协力义务，具体表现为鉴定人负有向受诉法院陈述鉴定意见的义务与出庭说明鉴定意见的义务，与此相应，鉴定人则有权请求受诉法院给付鉴定费与鉴定人出庭费这两种费用。另一方面，基于当事人对法院的公法上之费用负担义务，两种费用均应由当事人预交和负担。具体而言，鉴定费用的支付路径是：由当事人预交给法院，待鉴定活动结束后由法院支付给鉴定人。
由于鉴定费用的诉讼费用性质，因此，鉴定费用应由当事人向法院预交，同时应遵循民事诉讼费用的相关规定，原则上由败诉方承担。而现行鉴定费用制度中谁主张、谁负担的鉴定费负担方式明显不合理。
其一，谁主张、谁负担的鉴定费负担方式不符合诉讼法理。就诉讼法理而言，败诉的当事人对诉讼活动的开始负有不可推卸的法律责任，亦应对诉讼中用于裁判的费用具有相应的承担义务。鉴定费是鉴定人协助法院证据调查过程中所产生的费用，是帮助法官解决专业性问题、弄清案件实情以保证公正裁判的必要费用。从这个意义上来说，鉴定费理应由败诉方承担。
其二，谁主张、谁负担的鉴定费负担方式也不符合权利义务对等的法律原则。鉴定的启动与鉴定意见的采纳最终乃是由法院审查决定，而申请鉴定的当事人并没有实际的鉴定委托权、鉴定意见采用权，鉴定人及其鉴定意见也不对任一方当事人负责，如果一律要求主张鉴定的当事人承担该项程序费用，即与权利义务对等原则不相契合。
其三，谁主张、谁负担的鉴定费负担方式会影响当事人申请鉴定的积极性，进而影响法官对案件事实的了解程度。一方面它将阻却经济能力差的当事人的正当鉴定申请，另一方面，其不可避免地为另一方当事人因不信任、不信服鉴定意见而恣意主张鉴定提供了机会，从而引发重复鉴定、多头鉴定乃至虚假鉴定的现象。
其四，当鉴定乃是由法官依职权启动时，此种情况下，由于没有鉴定申请人，鉴定费的负担问题将无法可依，从而为法官滥用鉴定启动权及费用负担裁判权预留了空间。
