一、公司债务应该怎么清偿
(一)权利人一方拒绝接受债务人一方履行，债务人可以向公证机关申请提存，提存后，视为债务人已履行。提存的财产发生毁损、灭失等情况的，该风险由债权人一方承担。提存期间，提存财产产生的孳息归债权人一方。
(二)债务人有多个债权人时，应当优先清偿有担保的债权，各个债权人均无担保时，按照查封、扣押的先后顺序清偿。
(三)债务人如果是企业法人，财产不足清偿所有债务时，权利人可以申请其破产。
(四)债务人对同一人负有多笔同类债务，除非另有约定，按以下顺序清偿：
1、优先抵充已到期的债务；
2、几项债务均到期的，优先抵充对债权人缺乏担保或担保数额最少的债务；
3、担保数额相同的，优先抵充债务负担较重的债务；
4、负担相同的，按照债务到期的先后顺序抵充；
5、到期时间相同的，按比例抵充。
二、如何证明公司债务已清偿
当债权人拒绝承认清偿的效力时，债务人应予以证明：
(一)明确公司债务的举证责任。根据《民事诉讼法》的基本规定，当事人对其提出的诉讼请求应该提供证据予以证明。具体的举证责任会在债权人和债务人之间进行分配：
1、由债务人进行举证的情形。这时公司债务清偿后最常见的情形，收到债款的一方出具收条或者财务专用发票，写明具体的事由、款项，然后由债务人保存，债务人主张债款清偿的，应当出具该证明。
2、由债权人举证的情形。破产债权中，债权人想从破产财产中取得自己的债权，必须证明有合法有效的债权存在，之后才能依合同关系或者其他法律关系提出诉讼请求。
(二)保存真实有效的证据。在买卖交易过程中，口说无凭，即使是熟人，也应该在借款或收款中出具收条或者借条，没事当然好，发生纠纷了，这种书面证据会起很大的作用。
发生债权债务关系后，作为债权方要谨防债务方拖欠欠款不还，而作为债务方，您要谨防债权方矢口抵赖债务已清偿的事实而再次要求还款的风险。对此，您可以通过收集保存债务已清偿的证据来进行证明反驳。
