债权凭证在实施中的确对执行工作起到了一定的作用，而相关规定，对于债权凭证的实施也的确起到了良好的规范化作用，保证了债权凭证在发放过程中的严肃性。但是同时，债权凭证在实践过程中也出现了一些问题，这些问题已经日益突出。主要有：
(一)债权凭证在执行工作中的问题
一是债权凭证没有改变人们"法律白条"的认识。在过去很长一段时间里，广大民众甚至许多法官都认为法院对执行案件中止执行是法院向当事人开具"法律白条"。现在各地法院逐渐以债权凭证代替执行中止，案件大量终结执行，表现在司法统计报表上则是执行积案件的减少，从而在法院系统内部特别是法院领导中逐步形成债权凭证是解决"执行难"良方的意识。但广大民众，由于人们注重的是执行结果，而非执行措施，不管法律文书名称叫债权凭证还是执行中止(终结)裁定书，人们都不会改变法院依然在开具"法律白条"的看法。同时由于法律文书名称的随意变化，更给当事人一种法院在糊弄人的感觉。影响法院形象和司法权威。
二是债权凭证的实施增加了法院的工作量。根据民诉法第234条的规定中止执行必须查明的事实是如下之一：申请执行人表示同意延期执行;案外人对执行标的提出有理由的异议;作为一方当事人的公民死亡需要等待继承人继受权义;被执行人暂无财产可供执行。法官查清该事实之一后进行合议、制作中止合议笔录和中止执行裁定书，最后归档。在权利人有证据证明被执行人有财产可供执行时再向法院登记或立案手续。与此相比较，债权凭证的办理一点也不简便。执行中止上述手续在办理债权凭证时一样也不能少，同时发放债权凭证还要做笔录、制作终结裁定、填写内容繁杂的债权凭证。在制作债权凭证前又常要通知申请执行人核对债权数额。工作量比执行中止大大增加。
三是债权凭证的实施增加诉讼成本。首先法院发放的债权凭证要便于携带、保存，由此增加了法院制作债权凭证的工本费。有些法院以该工本费系执行的实际费用为由向当事人收取，将费用转嫁给申请执行人承担，在权利未实现时又增加一项费用，对申请执行人而言无疑是雪上加霜。其次，由于债权凭证只能发一份由权利人自己保管，这无疑增加当事人保管债权凭证的精力与负担。第三，如果债权凭证遗失或毁损，权利人又要申请公告注销，增加当事人的公告费用与时间,甚至可能使当事人的实体权利丧失。影响当事人权益的实现。[page]
四是债权凭证的实行，极容易导致执行人员滥用职权。当执行案件陷入执行困难、一时无法执行时，按照以往的做法，一般是暂时中止执行，但中止执行不算结案。但是在实行了债权凭证制度后，由于债权凭证被赋予了终结执行程序的作用，执行人员就往往会采取发放执行债权凭证的做法去解决，使案件在统计上"结案"，这实际上是滥用了职权。由于债权凭证的滥用，导致一大批不符合执行终结的案件却在实际上被宣判了"死刑"。表面上看当事人的权益没有受到损害，实际上，由于案件本来能够继续执行却被实际上终结，当事人的合法权益已经受到了侵害。因此，这种制度的合法化极可能为执行机构怠于采取执行措施，疏于保护债权人的合法权益，袒护债务人甚至办关系案与人情案提供合法外衣，降低民事执行的效率与效益，损害执行机构的权威性，造成新的执行难与乱。
(二)债权凭证在法理上存在的缺陷
1、债权凭证的自然属性只是一种债权，并不是什么司法行为，要改变其自然属性必须要有法律论据，从现行的法律来看，"债权凭证"所被赋予的司法内涵，并不如主张实施该制度者所认为的那样合法、合理。相反，债权凭证的所谓法律依据是经不起推敲的。换句话说，"债权凭证"是在一种特殊背景下产生的，是人们想回避一种执结率矛盾需求应运而生的，它自身不具有代表任何的法律意义实质，如果人们强制赋予它在执行中所需要的法律意义的话，结果只能造成法理上的矛盾和冲突。我国民事诉讼法及相关法律与司法解释也均没有规定执行机构或人民法院有权向债权人颁发"债权凭证"以终结执行程序。严格说来，执行机构或人民法院无权向债权人颁发"债权凭证"，而且，从民事诉讼法的规定来看，债务人确没有财产可供执行只能作为中止的法定事由，而不能作为终结执行的法定事由。最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》，也已经明确"债务人确无财产可供执行"作为中止执行的事由，而不是将其作为终结执行的事由。此外，根据现行法律与司法解释的规定，人民法院一旦裁定终结执行，执行程序就永远不能恢复，前面上用的观点所指出的民诉法第235条1、5项，并无明文规定可以恢复执行。而将"债权凭证"作为执行根据再申请执行，显然与现行法律的规定相冲突。因此，当债务人确无财产可供执行时，执行机构或人民法院向债权人颁发"债权凭证"并因此终结执行程序的做法是没有法律依据的，有违执行程序与执行措施的法定性原则。[page]
2、"债权凭证"无法替代有司法最终权的"判决书或调解书"根据"司法最终解决"的法理原则，法院对纠纷所作的裁判是对当事人之间权利义务关系最权威的裁断，而且这种裁判具有极大的确定力，非经法定程序不得更改或废弃。而根据"债权凭证"制度，债务人确无财产可供执行或者财产不足清偿全部债务的，执行机构或人民法院应向债权人颁发书面凭证，等发现债务人有财产时由债权人再申请执行。此时，债权人申请以及执行机构执行的依据只能是"债权凭证"，而不是原生效的裁判。从这个规定来看，原来的判决书被执行机构以替代形式否定了，并产生一个延伸产品"债权凭证"，这无论是在法律上还是法理上都是不允许的。因此，原生效裁判的效力并没有因颁发"债权凭证"而消灭，这样就产生了同一实体权利义务关系存在两个重叠的执行根据的现象，而且执行的并不是法院的裁判，而是后来颁发的"债权凭证"，这显然是对法院裁判权威性的破坏，对裁判确定力的动摇，在法理上是很难说得通的。
