首先，贷款期限不同：公积金贷款期限比商业贷款长;
其次范围不同。与公积金贷款相比，商业银行发放的住房抵押贷款对象是具有完全民事行为能力的自然人，即不限于住房公积金的交存人和离退休职工，贷款对象范围大。
再次，贷款利率不同。公积金贷款，最新的住房公积金贷款利率(5年以上)为4.59%，而同期商业贷款利率为6.84%，个人购买第一套住房的贷款利率可以在6.84%的基础上下浮15%，目前优惠利率为5.814%，而购买第二套以上住房的个人执行基准贷款利率，手续将更加严格，此外，手续办理不同。
商业贷款手续比较简单，放贷时间短。在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理，许多银行承诺:借款人资料齐全，3个工作日内即可放款。而公积金贷款，自受理申请之日起，15日内才能作出准予贷款或不予贷款的决定。
公积金贷款比商业贷款多一个评估费，是因为住房公积金贷款和商业贷款的评估方式不同，申请住房公积金贷款时，需要到评估事务所做评估，评估费最低收费为300元。购买40万元的住房，按5‰的评估费率计算，该项评估费为2000元。而且，公积金贷款还要交担保费。
1、初审：由住房资金管理中心对申请人提交的材料进行初步审查，其中包括申请人资格、贷款额度、贷款期限，初审合格以后，由中心出具《抵押物审核评估通知单》。
2、评估：申请人持《抵押物审核评估通知单》到中心指定的评估机构，对所购买的房屋价值进行评估。经济适用房不需要评估；审核：申请人持评估机构出具的《评估报告》以及中心要求的初审材料到中心进行贷款审核。如果合格，中心开具《本市住房资金管理中心担保委托贷款调查通知单》。
3、办理担保手续：申请人持《本市住房资金管理中心担保委托贷款调查通知单》，按照自己选择的担保方式办理担保手续。如果选择抵押＋保证的方式，保证人应该出具书面的担保函；如果选择抵押＋保险或第三人保证的方式。
4、签订借款合同。
1、申请贷款前不要动用公积金大家一定要注意如果是想要进行公积金贷款的话，就千不要在贷款之前动用公积金，因为公积金的额度与您每一个月交纳的公积金数额以及连续交纳的时间有关。但是如果在贷款之前动用公积金的话，很有可能就不能申请公积金贷款。
2、贷款期限公积金贷款期限长为30年。
3、需要按时还款借款人应在按照借款合同约定，需要在每月的还款日前足额将当月的应还款存入还款账户内．一定要注意不要出现逾期的情况。
4、需要在借款初一年内不要提前还款公积金贷款对于提前还款也是有规定的，一般来说，如果采用公积金贷款的形式，想要提前还款应在还贷满一年后再申请，并且归还的金额应超过6个月的还款额。
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