首先，在非法吸收公众存款犯罪中，嫌疑人向他人借款的行为并不是要侵占其财产，也没有欺诈的意思。非法吸收公众存款犯罪设置的本意，是为了打击地下银行，打击与商业银行竞争存款业务的行为，并非是为了打击向他人出借款项的行为和资本投资的行为。非法吸收公众存款侵害的只是国家金融从业管理规定，法律针对的只是嫌疑人的行为未经审批这一点，而不是其借款行为或者投资行为的全部。并且法律并未规定此种行为中的借款行为无效，因此，非法吸收公众存款犯罪并不影响借款合同的效力。
其次，就涉及非法吸收公众存款犯罪的借款合同而言，合同的效力与是否构成犯罪没有关系。那么，就借款合同纠纷本身而言，只要符合民事诉讼法第119条关于起诉条件的规定，就完全可以像其他民事案件一样正常起诉。法院在受理此类案件后，发现涉嫌犯罪的，也不需要考虑先刑后民的因素将案件移送，只需要移送相关犯罪线索，并不妨碍对民事案件的正常审理。
最后，民事案件判决被告承担还款责任与刑事案件判决退赔之间并不冲突。刑事判决退赔往往只是一个笼统的判决，并不确定具体的金额与履行期限，与民事判决的合同责任之间并没有实质性冲突。事实上，刑事判决退赔一般并不能完全实现保障被害人受侵害的财产权，法律也没有规定经过刑事判决退赔的，当事人就不能再提起民事诉讼。
综上所述，法院对于涉及非法吸收公众存款犯罪的借款合同纠纷案件，应当按照民事案件正常程序进行审理。
