《民事诉讼法》第186条第1款规定：“人民法院按照审判监督程序再审的案件，发生法律效力的判决、裁定是由第一审法院作出的，按照第一审程序审理，所作的判决、裁定，当事人可以上诉；发生法律效力的判决、裁定是由第二审法院作出的，按照第二审程序审理，所作的判决、裁定，是发生法律效力的判决、裁定；上级人民法院按照审判监督程序提审的，按照第二审程序审理，所作的判决、裁定是发生法律效力的判决、裁定。”不少人据此认为，案件进入再审后所适用的程序要么是第一审程序，要么是第二审程序，并不存在独立的“再审程序”。这种认识是有所偏颇的。
再审程序和第一审程序、第二审程序都是人民法院审理诉讼案件所适用的程序，它们之间既有联系又有区别。这三种程序制度分别适用于诉讼的不同阶段。其中第一审程序是任何诉讼案件必经的程序，没有第一审程序，也就没有后面的第二审程序和再审程序。第一审程序也是其他程序的“样板”，法律对它的规定也最为具体，诉讼法上的基本原理在第一审程序的规定中几乎都有体现。而第二审程序和再审程序则不是每个案件的必经程序，实践中，只有20%左右的案件进入到第二审程序，进入再审程序的案件则比例更小。
我们这里关注的主要是再审程序与作为原审的第一审和第二审程序之间的差别和共同点，只有了解了这些差别和共同点，才能更好地理解和适用再审程序。
首先，对于再审程序而言，在此之前存在着一个已经发生法律效力的裁判，这是它与原审程序的首要区别。虽然案件在裁定提起再审时，应当同时裁定中止原裁判的执行，但也仅仅是中止执行而已，并不是否定、推翻了原裁判。履行或者强制执行原判的行为，在法律上并未丧失根据；以原裁判为基础作出的其他裁判，或有关机关作出的行政行为等，也不受再审程序的影响。所以，在适用再审程序审理案件时，必须要注意到原判的履行、执行情况，以原判为基础发生的新的交易、建立的新的生活秩序情况等，而不能机械地仅仅限于原审当时的案件事实情况。
其次，再审案件的诉讼标的和审理范围不同于原审。对于再审的诉讼标的，在理论上有不同的理解。就修改后的《民事诉讼法》的规定而言，根据提起再审的途径不同，其诉讼标的和审理范围也不相同。当事人申请再审的案件，经上一级人民法院经审查裁定再审后，在再审程序中一般不再对再审事由进行审查，而直接对案件进行实体审理，即在当事人提出的具体的再审请求范围内进行审理。
但也有例外，根据《审监程序解释》第40条规定，“人民法院以调解方式审结的案件裁定再审后，经审理发现申请再审人提出的调解违反自愿原则的事由不成立，且调解协议的内容不违反法律强制性规定的，应当’裁定驳回再审申请，并恢复原调解书的执行。”对于人民检察院提出抗诉的案件，人民法院在再审程中应当“在抗诉支持当事人请求的范围内”对案件进行审理，这里既包括对再审事由是否成立的审理，也包括对案件的实体审理。
另外，无论通过哪一种途径提起再审的案件，在实体审理范围上都要既受到具体再审请求的约束，又受到原审审理范围的约束。根据《审监程序解释》第33条的规定，当事人超出原审范围增加、变更诉讼请求的，不属于再审审理范围，但涉及国家利益、社会公共利益，或者当事人在原审诉讼中已经依法要求增加、变更诉讼请求，原审未予审理且客观上不能形成其他诉讼的除外。由此可见，再审的审理范围通常情况下必然要小于原审。
第三，再审应当依照《民事诉讼法》第186条的规定，根据原生效裁判是由第一审法院或第二审法院作出的，而适用第一审程序或者第二审程序。但再审对第一审程序或者第二审程序的适用，并不是完全把案件当作一审案件或者二审案件来审理，而是必须根据再审的具体特点作出相应的调整。例如，根据《审监程序解释》的规定，审理再审案件应当开庭审理，只是在特殊情形下才可以不开庭；又例如，根据提起再审的方式不同，当事人在法庭上发表意见的顺序也有不同；再例如，当事人在再审期间撤回再审申请或按照其撤回再审申请处理的，再审法院应当裁定终结再审程序，并恢复原裁判的执行。
第四，在再审程序中，必须树立既要充分保护当事人申请再审权利及实体权利，又要注意维护生效裁判稳定性的理念。在以往的实践中，有一种比较普遍的观点认为，进入再审的案件必须是原判“确有错误”，而这里的错误仅仅指的是实体错误，也就是说只有原判确实损害了当事人的实体权利的情形，才能提起再审，并且最理想的结果就是进行了相应的改判，如果提起再审后又维持了原判，那就证明当初提起再审是错误的，起码是不慎重的。也就是说，在对案件提起再审前的审查程序中，进行的是“全面审查”。但随着人们对程序价值的认识的深入，程序公正的要求也越来越被重视了。
在修订后的《民事诉讼法》中，明确规定了一些纯粹程序性的再审事由，例如原裁判认定事实的主要证据未经质证的、违反法律规定管辖错误的、审判组织的组成不合法或者依法应当回避的审判人员没有回避的、违反法律规定剥夺当事人辩论权利的、未经传票传唤缺席判决的、审判人员在审理该案件时有贪污受贿等行为的，原裁判即使客观上确实存在上述情形，也并不意味着在实体处理上一定错误或不当，但这时也必须提起再审，经过正确、公正的程序，重新审理本案，然后再确定原判在实体处理上是否正确。
换言之，提起再审前的审查阶段必须确立“有限审查”或者说“事由审查”的观念，只能审查申请再审事由本身是否成立，而不能同时进行实体法律关系的审查，不能先入为主地认定原判实体处理是正确的或是错误的。原判实体处理是否正确的结论，只有经过再审审理后才能得出来。这一点在以程序性事由提起再审的情形是非常清楚的。在以“有新的证据，足以推翻原判决、裁定”等为由申请再审的情形，虽然在审查阶段不可避免地要涉及是否“足以推翻原判”等问题，但也必须注意“有限审查”的要求，不可在审查阶段进行实质的再审审理。
《民事诉讼法》和《审监程序解释》的相关规定，都体现了充分保障当事人申请再审权利的理念。但同时也应注意，再审并不是要对原裁判中的任何实体方面的瑕疵都要纠正，而是还要考虑到维持生效裁判稳定性的要求。《审监程序解释》第37条中规定，原判决、裁定在认定事实、适用法律、阐述理由方面虽有瑕疵，但裁判结果正确的，人民法院应在再审判决、裁定中纠正上述瑕疵后予以维持。维持生效裁判的稳定性，虽然有维护司法权威的一个侧面，但更重要的是维持社会关系和交易秩序的稳定。
根据《审监程序解释》第25条第（3）项和第（4）项的规定，人民法院在对再审申请进行审查的过程中，发现当事人达成执行和解协议且已履行完毕，并且没有明确保留申请再审权利的，或者当事人之间的争议可以另案解决的，都可以裁定终结审查。这也是为了维持稳定的社会关系和交易秩序。
