乡(镇)村企业的土地使用权上抵押权实现拍卖或变卖抵押物时，抵押权人若不是本集体经济组织投资设立的企业的，须办理集体土地征收和国有土地出让手续。拍卖或变卖所得价款，应先扣除征地补偿安置费，给付集体土地所有者(集体土地所有者在同意抵押证明中放弃此项权利的除外)，并扣除出让金上缴国家，余额依《担保法》规定处置。乡镇企业用地使用权的抵押问题是实践中的一个难题。一般来说，有两个要点。
1)在为设定抵押而办理登记时，土地管理部门应当核定通过拍卖抵押物实现抵押权时应补交的土地使用权出让金额。这笔金额，实际上是抵押权人实现抵押权的一笔预期扣除额，也是未来的地产受让人将要支付的一笔成本;
2)抵押权实现时，被抵押的土地使用权必须通过土地征收程序转变为国有土地，然后按抵押划拨国有土地使用权的办法，或办理土地出让手续，由受让人在缴纳出让金的基础上取得出让国有土地使用权，或作为划拨土地以转给受让人，国家收取土地收益。这些规定，实际上针对的是土地使用权由集体经济组织以外的单位或个人受让的情形。如果抵押权实现时，该乡镇企业用地使用权是由本集体内部的企业或个人受让取得，则没有必要适用这种程序。
