(一)电子发票功能实现过程中存在的问题
发票电子化后成为格式标准的电子发票，以电子形式记录存储在计算机终端。在EDI(电子数据交换)制度中，电子记录存在易被篡改的缺陷，这使它作为财政收支凭证的法定性质与会计核算原始依据的基本功能被削弱，从而会出现买方拒绝签收电子发票的状况。再者，在电子商务下，纳税人能容易地将其电子帐簿纪录转移，这也给税收机构查证课税证据并据此征税带来了困难。
(二)电子保单功能实现过程中存在的问题
保单电子化或许给投保人带来了诸如异地投保的便利，但投保的最终目的是在发生意外事件的时候有保险理赔的保障。在CIF(即成本加保险费加运费付至目的港)合同交易条件下，买方如何向保险机构证明自己就是电子保单中的受益人，电子保单如何能做到不可复制的唯一性等，都会成为保单电子化后受益人索赔的障碍。电子保单如何实行背书转让的功能也是一个难题。
(三)电子报关单功能实现过程中存在的问题
海关的电子化进程从整个世界范围看总是处于领先的地位。电子报关是指海关与报关对象(如进出口货物的收发货人或其代理人)之间运用现代通讯和网络技术等自动交换和处理报关文件，并利用海关计算机应用系统实现网上报关、网上支付、许可证网上查询以及联网监控等，及时、自动地完成整个报关过程，该系统还关系到出口货物管理等部门。无纸化报关还未在全球实现，因而已施行电子报关国家的电子报关单在一个报关未实现无纸化的国家是否依然具有其效力，不得而知。类似的还有在报关过程中需要的原产地证书等，经由出口国签发的原产地证一旦电子化后，可能会因为进口国的计算机网络系统无法接收与识别而被拒绝。
(四)电子提单物权凭证功能实现过程中存在的问题
提单作为传统信用证项下唯一具有物权凭证功能的单据，其电子化相比其他单据面临着更为复杂的障碍。现阶段电子提单仍未能在国际贸易中得到充分实践，主要归结于电子提单的效力依旧不能与传统提单等同，其中最为关键的就是提单的物权凭证功能的实现存在一定阻碍，主要体现在电子提单物权凭证实现的技术和法律方面的问题。传统提单可以通过背书来实现物权的转移，而电子提单无法通过盖章和签字的形式进行具有唯一性的背书。
