海关审查确定完税价格程序包括价格质疑程序和价格磋商程序。海关对申报价格的真实性、准确性有疑问时，或者认为买卖双方之间的特殊关系影响成交价格时，应当启动价格质疑程序。
纳税义务人或者其代理人应当自收到海关制发的《价格质疑通知书》之日起5个工作日内，以书面形式提供相关资料或者其他证据，证明其申报价格真实、准确或者双方之间的特殊关系未影响成交价格。如确有正当理由无法在规定时间内提供前述资料的，可以在规定期限届满前以书面形式向海关申请延期。除特殊情况外，延期不得超过10个工作日。
制发《价格质疑通知书》后，出现以下情况，海关可以启动价格磋商程序, 与纳税义务人充分沟通信息，依次使用相同、类似、倒扣、计算、合理估价方法确定完税价格：
纳税义务人或者其代理人在海关规定期限内，未能提供进一步说明的;
纳税义务人或者其代理人提供有关资料、证据后，海关经审核其所提供的资料、证据，仍然有理由怀疑申报价格的真实性、准确性的;
纳税义务人或者其代理人提供有关资料、证据后，海关经审核其所提供的资料、证据，仍然有理由认为买卖双方之间的特殊关系影响成交价格的。
纳税义务人应当自收到海关制发的《价格磋商通知书》之日起5个工作日内与海关进行价格磋商并填写《价格磋商记录表》。如未在规定的时限内前来磋商的，视为其放弃价格磋商的权利，海关可以直接依次使用5种非成交价格法确定完税价格。
在海关确定进口货物的完税价格后，纳税义务人可以提出书面申请，要求海关就如何确定其进口货物的完税价格做出书面说明。海关应当根据要求出具《估价告知书》。
