一经立案，反倾销调查程序就开始启动。外经贸部会同海关总署对倾销及倾销幅度进行调查;经贸委会同国务院的有关部门对损害及损害程度做调查。利害关系方应当如实反映情况，按有关部门的要求，提供有关资料。
作为WTO一揽子文件之一的“关于执行关贸总协定第6条的协定(1994)”，对反倾销调查程序做出了详细的规定。根据WTO的有关原则，凡成员方制定反倾销法律或者采取反倾销调查行动，都必须与该文件保持一致。
反倾销调查程序包括申诉、立案、调查、裁决、复审等阶段。
1、申诉 反倾销调查的启动一般应由进口方受到损害的行业或其代表向有关当局提交书面申请，这是反倾销调查的必要条件。一般情况下，进口方当局不会主动发起反倾销调查，特殊情况除外。申诉书主要应包括申请人的身份、产品产量与价值、被指控产品所属国家及相关企业名称、被指控产品所属国家及相关企业名称、被指控方产品在其国内的价格等资料。
2、立案 进口方当局在确认申诉材料真实可靠，决定立案后，就要通知其产品遭到调查的成员方，和调查当局所知道的有厉害关系的各方，并予以公告。向被调查方发出的通知应当列明应诉材料的送达地点及时限等。
3、反倾销调查 主管当局根据申诉人提出的申请，在一定的期限内，对被告方的产品倾销幅度、对国内行业的损害以及两者之间的因果关系进行调查核实。一般情况下，反倾销调查应在1年内结束，无论何种情况不得超过从调查开始之后的18个月。调查中有如下注意事项：
当事各方提供的证据必须是书面形式，即使是听证会的口头辩论，事后也必须提交书面材料。
给被诉方发出的调查表，要至少给予30天的期限回答问题(以发出之日起的7天为送达)。
在调查期间，各厉害关系方有权举行听证会为其利益辩护。为证实所提供信息的准确性，进口方当局可以在其他成员方境内进行现场调查。
