不能通过民政机关办理离婚手续的情形有以下这些：
1.一方要求离婚的。也就是说，一方要求离婚，另一方不同意的，要求离婚的当事人只能向法院起诉要求离婚。
2.双方要求离婚，但是对子女抚养、夫妻一方生活困难的经济帮助、财产及债务处理等事项未达成协议的，当事人只能通过法院解除婚姻关系。虽然双方都同意离婚，但是对于财产分割、子女抚养等分歧不能达成一致意见的，也不能到民政局办理协议离婚手续，而只能通过法院解决双方的争议，从而以诉讼手段解除双方的婚姻关系。
3.一方或者双方当事人为限制民事行为能力或者无民事行为能力的。如果一方为精神病患者，被医院确诊为无民事行为能力，民政局是不可以受理离婚申请的，因为民政局不能确定当事人是否具备真实自愿的离婚意愿。同样，法院也不会直接受理被确定为无民事行为能力的当事人的离婚起诉，只能由另一方当事人起诉。若当事人被医学鉴定为无民事行为能力人的，包括当事人亲属在内的任何其他人都不能代替当事人起诉离婚。如果对方当事人是无民事行为能力人，当事人可以向法院提起离婚诉讼，而由对方当事人的法定监护人作为对方当事人的代理人参加诉讼。
4.未办理结婚登记的。如果当事人是事实婚姻或同居关系，根本没有办理结婚登记，如果现在闹离婚，只能到法院办理离婚手续，民政局不予办理。根据现行的法律规定，符合结婚实质要件的当事人双方是在1994年2月1日以前，虽然未登记结婚，但是以夫妻名义在一起同居生活的，构成事实婚姻。但如果现在解除事实婚姻关系，只能到法院办理离婚手续；1994年2月1日以后，男女双方在一起生活，只是同居关系，可以自行解除，不需要到民政局或法院办理解除关系手续，只是双方有财产或子女抚养纠纷，才可直接向法院起诉。
5.双方是在国外登记结婚的。随着时代的发展，越来越多的中国人和外国人结婚，是在外国登记的，或是在港、澳、台注册的，对于不在中国大陆登记的婚姻，当事人要解除，不管双方是否能够达成协议，只能通过人民法院以诉讼方式离婚。
