申请亲子鉴定程序主要有以下三个：
（一）满足亲子鉴定的条件：
1、夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明。
2、当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明。
3、因婴儿抱错怀疑非自己亲生而拒绝从医院抱领的，医院或者父母方申请要求作亲子鉴定。
4、拐卖妇女、儿童罪，当公安干警解救出被拐卖的儿童之时，不能确定生父母而需要亲子鉴定的。
（二）向有关资质的机构提出申请：
1、依申请启动鉴定程序。亲子鉴定程序涉及到多方当事人的人身利益，一般采取当事人主动申请的原则。在处理家庭纠纷案件时，审判机关即使怀疑“父子”关系，也不能依职权主动委托有关部门作亲子鉴定，只有当事人一方或双方主动向人民法院申请要求作亲子鉴定，审判机关才能考虑是否启动这一程序。
2、由司法机关指定机构鉴定。一般可以由以下机构鉴定公安部物证鉴定中心、北京市公安局法医鉴定中心、北京市血液中心等通常接受公检法鉴定、公证的单位进行鉴定。
（三）符合法定的鉴定程序。
应当符合法定程序。双方当事人必须提供身份证（护照）、出生证等有效证件的正本，由鉴定单位的工作人员核对和验证身份无误后，复印存档，正本当即归还当事人。
