环境关税是重要的国际经济与贸易调控杠杆，在保护环境方面可以发挥其独特的作用，对国际贸易的发展也会产生多方面的影响。概括起来，环境关税的贸易效应主要包括贸易结构效应、贸易优势效应和贸易歧视效应。
(一)贸易结构效应
环境关税的贸易结构效应是指环境关税对国际贸易商品结构的影响。环境关税通过影响人们的消费需求、国际市场的效率和国际国内的资源配置，改变国际贸易商品结构。环境关税政策的实行引起人们消费观念的变化，将促使人们改变对国际贸易商品的需求，在选择商品时倾向于选择那些对环境和人类健康与安全等无害的产品，从而使该类产品在国际贸易商品结构中的比重上升。环境关税也会约束一些会产生外部性的产业贸易歧视效应，影响商品贸易的发展，如限制可能造成森林退化、渔业资源破坏、跨国污染、大气和水污染、温室效应、生态破坏、物种灭绝等的商品贸易的发展，从而在一定时期内减少这些商品贸易的规模。环境关税措施会直接或间接地影响生产资源在国民经济各产业间的配置和再配置，引起产业部门的此消彼长并影响到产业结构的调整，进而对国际贸易商品结构产生影响。
(二)贸易优势效应
为实现环境关税而推行的各种环境成本内部化措施，将引起比较优势在国家间的转移。现在各国赖以进行国际贸易的比较优势，基本上都是在不考虑环境成本内部化的基础上确定的。自由贸易的理论基础是比较成本理论，其比较成本没有反映环境成本。将国际贸易商品的环境成本内部化后，包含环境成本的比较成本才构成真正的国际贸易比较成本。由此可见，国际贸易商品的环境成本内部化不仅会改变某些国家比较优势的大小，甚至会使比较优势与比较劣势相互转化，从而改变目前的国际贸易格局。一方面，具有较低环境成本的国家将可能拥有新的比较优势;另一方面，从资源要素来说，同样的资源消耗可能会由于各国资源的禀赋与环境容量大小的不同而具有不同的环境成本，这就使资源相对丰富或环境容量较大的国家更能保有比较优势。当然，即使是环境关税下的贸易竞争优势所考虑的也不仅仅是环境成本问题，贸易的发生与否最终还要在以最小的社会成本满足最大消费需求这一经济效率原则下来决定。
(三)贸易歧视效应
环境关税并不违背国际贸易协定的非歧视条款，而隐含歧视性。一方面，由于国与国之间的环保条件和偏好各不相同，而使得环境关税的实施不利于进口产品在进口国市场的竞争，从而产生针对进口产品的“隐含歧视”问题。一般说来，环境关税反映了一个国家对生产和消费的环境偏好。各国的有关部门、组织和产业界可能以影响环境关税的不同概念或内涵来反映其利益要求，从而对外国进口产品构成贸易歧视。另一方面，许多国家采取的环境关税政策措施，在一定程度上起到了促进或阻碍某些商品贸易的作用。环境关税的目的在于降低产品在进出口国消费和生产的环境影响，目前存在的一些环境关税政策，多是根据非歧视原则制定的。但由于缺乏有效的国际协调，这些环境关税政策的实施造成了国外厂商的适应性问题，事实上构成了贸易歧视，一定程度上阻碍了正常的国际贸易的开展。
