在实际操作中，有的地方随意扩大流动票箱的使用对象，个别村甚至全部采用流动票箱；有的地方选举时随意派几个人拎着票箱走街串户，个别村出现候选人的亲信负责流动票箱的现象；有的地方投票截止时间随意性大，部分选民未能参加投票选举；有的地方因使用流动票箱发生上访、争执的事例时有发生，有的导致选举无效，甚至引发流血冲突。流动票箱问题已成为影响村委会选举的一个重要问题，规范流动票箱的程序和要求，已成为进一步完善村委会选举程序的当务之急。
从各地实际情况看，规范流动票箱的使用程序，必须把握好以下几个关键环节：
首先，要明确哪些人可以使用流动票箱，即明确流动票箱的投票对象。目前，村委会换届选举，绝大多数农村采取的是召开选举大会或设立投票站的形式，流动票箱只是一种辅助形式，目的是保证那些行动不便、不能到投票站或中心会场投票的选民及时行使民主权利。因此，各地的地方法规大都对使用流动票箱的对象进行了限制，仅限于一部分特定的人群，即那些因老弱病残等健康原因或居住分散等原因不便或不能到选举大会会场或投票站投票的选民。黑龙江、山东、湖南等省还做了进一步的严格规定，流动票箱仅限于确无行走能力不能到现场投票的选民使用，使用流动票箱的选民名单要经村民选举委员会确认并张榜公布。从实践经验看，具体到一个村，谁可以使用流动票箱，村民选举委员会要在本村选举方案或投票办法中，具体规定哪些人可以使用流动票箱，不能含糊不清；同时要严格把关，按规定的标准来确定本村使用流动票箱的人员，张榜公布名单。对有争议的选民要及时召开村民代表会议或村民会议讨论决定，杜绝随意扩大使用流动票箱人员的现象。对投票前因意外受伤、生育等特殊情况确需使用流动票箱的选民，由村民选举委员会按照少数服从多数的原则决定。
其次，要选择好负责流动票箱的选举工作人员。与选举大会和投票站相比，流动票箱由于其流动性，远离公众或选民的视线，不可预见的事情有可能发生。因此，保证选举的公正性，保证使用流动票箱的选民公正、自由地投票，选择好流动票箱的选举工作人员非常重要。从大多数地方的做法看，负责流动票箱的工作人员一般由村民选举委员会成员和经村民推选出来的威信较高、办事公道的村民担任，每个流动票箱要配备监票人三人以上，村委会成员候选人及其近亲属应该回避，以最大限度地保证选举的公正性。
第三，要遵循秘密写票的原则，保证选民自由地填写选票。秘密写票是法律规定的一项基本要求，大部分村庄在选举大会或投票站都设有秘密写票处，以保证选民秘密写票。而流动票箱是流动的，不可能在每个使用流动票箱的选民家中都设立秘密写票处。在这种情况下，要对工作人员提出特别要求，在选民填写选票时，工作人员应尽可能回避，在另一间屋等候或在门外等候，也可以与填写选票的选民保持一定的距离，让选民不受干扰地填写选票，自由表达真实愿望。
第四，要把所有流动票箱集中到主会场，统一开箱计票。公开唱票、计票，是法律的规定。无论是选举大会的票箱，投票站的票箱，还是流动票箱，都要集中到主会场同时开箱、计票，不可以单独开箱、计票。特别是流动票箱，选民都是特定的，单独开箱、计票，选票舞弊行为就会有可乘之机，而且也很容易暴露这部分选民的投票意向，影响选民自由行使投票权利。投票结束后，流动票箱的工作人员应在规定的时间内，将密封的票箱送到选举大会会场，与选举大会票箱、投票站票箱一起集中开箱，在选民的监督下公开唱票、计票。
第五，要严格流动票箱投票的截止时间。投票时间，无论选举大会、投票站还是流动票箱，都是一样的，也就是说，流动票箱的投票应在选举日规定时间内进行并完成。对于一些居住分散、交通不便的边远山村，在规定时间内完成了流动票箱投票，但在选举日当天流动票箱回不到中心投票站，可以根据本村的实际情况，由村民会议、村民代表会议或村民选举委员会提前决定票箱密封后放置何处，由何人保管，避免节外生枝。
