赔偿请求权人与赔偿义务机关达成的协议或赔偿义务机关作出的裁决具有确定力和拘束力，双方当事人不得随意反悔更改，这是多数国家法律所明确规定的。例如，美国《联邦侵权赔偿法》第2672条规定，除非前项之行政调解系以欺诈方式达成，行政机关所为的妥协、和解、裁决或决定，在本法关于对美国联邦政府基于侵权行为而提起的民事诉讼的规定限制下，对联邦政府全体官员均有终局的效力。请求权人接受前述的裁决、和解或妥协，对于该请求权人应产生终局的拘束力，并对美国联邦政府及其人员因其行为或不行为所生的赔偿请求构成完全之免除。
可见，在行政赔偿的先行协议程序中，赔偿义务机关与请求权人所达成的赔偿协议与法院的调解书具有同等的法律效力，既可以成为赔偿义务机关履行赔偿义务的依据，又可以成为请求权人申请法院强制执行的依据。具体而言，赔偿决定或协议发生以下效力：
(一)赔偿义务机关履行赔偿义务
由于赔偿协议具有与法院判决、调解书同等的效力，因此赔偿义务机关与请求权人达成协议后就负有履行协议的赔偿义务，应当向请求权人支付赔偿金、或按协议内容恢复原状。此项履行应当在一定期限内完成，我国台湾法律规定为20日。当事人也可以约定履行期限，但不宜过长。赔偿义务机关在协议前或协议中已先行支付的医疗费、丧葬费和其他费用，应于履行赔偿金时扣除。
(二)请求权人取得执行名义
赔偿协议的效力还存在于请求权人向赔偿义务机关请求赔偿时，该赔偿义务机关不得拒绝或延迟履行。否则，请求权人有权申请法院强制执行。通常法院强制执行的标的为赔偿义务机关所有的财产，但由于行政机关的财产性质特别，有些情况下不宜作为强制执行的标的。例如，机关公用的实物、公务员的工资等。许多国家和我国台湾均有一定限制。例如，在英国、法国、美国、西班牙、澳大利来等国，不能申请强制执行国家赔偿责任。在美国由国会编列预备金支付赔偿费。德国虽然曾规定财政财产可以强制执行，但公有物仍不能强制执行。
我国现行法律没有规定行政机关作出赔偿裁决或与请求权人达成协议后拒不执行该裁决或协议的处理办法，因此，请求权人能否就裁决或协议向法院申请强制执行仍无定论。但从国家赔偿立法的趋势和规律看，规定请求权人申请法院强制执行是必要的，这是保证赔偿义务机关及时履行义务的重要途径。但由法院强制行政机关执行协议存在一定难度，同时还可以开辟另一个途径，即赔偿义务机关超过期限拒不履行协议的，请求权人可以就此向法院提起赔偿诉讼。
赔偿义务机关与请求权人经协商未达成协议的，行政机关应出具一定证明文书，作为行政机关先行处理的证明，便于请求权人提起诉讼。如不出具证明，则请求权人自协议开始后一定时间为限，有权向法院起诉。
