在司法赔偿实践中，常常会显露出我国现行赔偿程序的一些缺陷。例如有这样一则案例：一九八九年，李某因涉嫌贪污罪被某县检察院立案侦查，后决定对其免于起诉。李不服提出申诉，1996年经该院复查后宣告无罪。一九九八年李请求该院给予其刑事赔偿，同年该院作出不予赔偿决定。李不服，遂向市检察院申请复议，市院维持了县院不予赔偿决定。随后李又向市中级人民法院申请，要求依法作出赔偿，一九九九年市中院赔偿委员会维持了市检察院不予赔偿的复议决定书。李不服，又向市中级法院提出申诉。二00一年，市中级法院驳回了其申诉。李仍不服，又多次向省高级人民法院提出申诉，省高级人民法院于二00三年做出撤销市中级人民法院的决定书和司法建议指令市中级人民法院重新审理。市中级人民法院赔偿委员委会于二00三年四月再审决定给李予以赔偿。
从李某刑事赔偿一案的诉讼过程可以看出，不同机关、不同机关的上下级;同一个机关、同一个机关的上下级，多次审理，最终结果不相同。李某申请刑事赔偿案经中级法院赔委会开庭审理后作出了赔偿的终审决定，按照现行《国家赔偿法》的规定：“赔偿委员会作出的赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行”。由此可见，在司法赔偿中，造成检察机关和审判机关关系不协调的根本原因，不是认识上的，而是制度上的。我国宪法明文规定，人民检察院是国家法律监督机关，刑事诉讼法、民事诉讼法、行政诉讼法将监督权进一步落实到三大诉讼之中。尽管从理论上说，监督者也应被监督，但法律明确具体规定的审判活动的法律监督机关，却要在审判活动中处于被审判的地位，无法理加以解释。
