国家补偿和国家赔偿虽然都是对在国家权力动作过程中受特别损害的相对人的补救，但两者有根本区别，具体表现在：
一、两者发生的基础不同。
国家赔偿由国家机关及其工作人员的违法行为引起，即以违法为前提；国家补偿则由国家的合法行为引起，不以违法为前提。
二、两者的性质不同。
国家赔偿是国家对其违法行为承担的一种法律责任，其目的是恢复到合法行为所应有的状态；国家补偿是一种例外责任，由法律规定为限，其目的是为在公共利益而遭受特别损失的相对人提供补救，以体现公平负担的精神。
三、两者适用的领域不同。
在我国，国家赔偿既包括行政赔偿，也包括刑事赔偿，还包括民事、行政审判中的侵权赔偿；国家补偿存在于行政领域，即只有行政补偿。
四、两者补偿的范围不同。
在我国，国家赔偿虽然不适用民事赔偿的等价原则，只赔偿直接损失，而且主要是物质损失，但仍比国家补偿的范围要宽。国家补偿一般以直接现实的损失为限，而且在许多情况下，法律规定的补偿额往往小于直接损失额。
五、两者发生的时间不同。
国家赔偿发生在损害发生之后，公民、法人和其他组织只能就现实的已经发生的损害请求赔偿，不能对可能发生的损害请求赔偿；国家补偿通常发生在损害产生之前，由法律直接规定。
