社会保险费税务征收，与以前社会保障部门征收，虽然取得了一定的成效，但是与深化社会保险制度改革，进一步理顺社会保险关系、公平合理征收社会保险费不可避免地会存在一些问题。
(一)多头管理、权责失调。社会保险费征收包括单位缴费额和个人缴费额，现行的社会保险费征收业务流程涉及到的环节较多，单位申报、参保缴费登记要到劳动保障部门办理;个人缴费基数及缴费额由劳动保障部门核定，税务部门代收;单位缴费基数、缴费比例由劳动保障部门和税务部门分别予以核定;税务部门只承担社会保险费的征收和催缴工作，缴费的逾期、拖欠、处罚、缓缴的审批分散在这些不同部门，部门从自身管理角度出发，多头建立数据库，导致对账难和记账难，征收环节的多头化，使权责严重脱节，加之部门间协调服务难以完全实现，导致社会保险费的征收效率不高，割裂了本应由一个部门独立承担的征收功能。
(二)企业申报缴费基数质量有待提高。现行政策规定，应以企业支付在职职工的工资总额为缴费基数计算提取社会保费。工资总额应该包括职工的基本工资、各种津贴、经常性奖金和其他工资。有些单位为了少缴社会保险费，只以职工的基本工资来申报，或者故意少报职工工资总额，虽然年终会算清缴，一旦查到也没有处罚规定，只须补缴社会保险费，致使在征管过程中漏缴、少缴的情况难以有效遏制，严重阻碍公平、合理征缴社会保险费。
( 三)各险种征缴基数不统一。目前实施的基本养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险缴费基数的最低控制线都不统一，基本养老保险的缴费基数最低控制线是全省职工平均工资60%;而医疗保险、失业保险等分别是当地职工平均工资100%或市职工平均工资的100%，从而使各险种征缴保险费时要分别计算，分别开单征缴。
(四)社会保障部门“收入过渡户”没有全部取消。财政部与劳动保障部联合颁发的《社会保障基金财务制度》规定，实行税务部门征收社会保险费的地区，社会保障部门不再设“收入过渡户”。但多数地区仍旧设立“收入过渡户”，特别是自谋职业社会保险费的征缴量大繁杂，地税部门不愿接收，只得有社会保障部门设立“收入过渡户”收缴，有悖于财务规定，增加了社会保险费的运行环节及在途时间，不利于社会保障基金的“收支两条线”管理。
