2004年7月1日起实施的《行政许可法》明确规定对6种事项可以设定行政许可，这应是进出口商检实施的法定依据。
我国《进出口商品检验法》规定，“国家商检部门制定、调整必须实施检验的进出口商品目录并公布实施”，“对列入种类表目录的进出口商品实施强制性检验，未经检验或未经检验合格不准销售、使用或进出口”。可以看出，进出口商检是由政府强制实施的行政行为，具有明显的行政许可特征。因此，进出口商品检验也必须遵循行政许可的基本原则(合法，公开、公平、公正，便民，救济，信赖保护，不可转让，监督)，必须按照设定、实施、监督检查的程序和制度进行规范。而实际上，在实际操作过程中，进出口商检很多地方都不符合。
《行政许可法》规定：“本法施行前有关行政许可的规定，制定机关应当依照本法规定予以清理;不符合本法规定的，自本法施行之日起停止执行。”但是至今为止，国家质检总局始终未表示过作为商检主体行为的“进出口商品检验”是否属于行政许可行为。2004年，质检总局把现有45项检验检疫方面行政审批项目上报国务院审改办(结果保留42项，取消2项，改变管理方式1项)，但其中却并没有涉及进出口商品检验项目。2005年12月1日新《商检法实施条例》施行，国家质检总局仍未表态进出口商品检验归属行政许可性质。
或许如此一来，进出口商品检验就可以规避《行政许可法》的约束，但是，这对于商检依法行政，对于维护国家、消费者和企业利益，却无论如何不是好事情。
如果对照《行政许可法》、《商检法》，现行商检内容存在许多需要解决的重要问题。
首先，现行商检内容大大突破了《行政许可法》和《商检法》规定。按照法律规定，不属于行政许可允许内容的事项，不应该列为商检内容。《商检法》对于商检内容的规定，已经明确了商品品质、数量、重量、规格型号、包装外观等不属于检验要求内容，不应该列入种类表目录的检验内容之中。但实际上，现行种类表中，居然有高达57%属于商品常规性能检验。
其次，进出口商检存在大量重复检验问题。《行政许可法》规定，即使符合设立行政许可的条件要求，但仍可以通过其他方式予以规范的事项,可以不设行政许可。这既是为了充分利用市场和民间力量，节约行政成本，也是为了防止政府无限扩权，侵犯公民和企业权利。进出口商检也必须遵循该条原则，特别是政府已经采用行政监督管理手段实施的商品类别,不应再重复列入强制检验的范围。例如，已经实施的进出口食品生产企业卫生注册/登记制度，出口产品质量许可证制度(新《商检法实施条例》中称为“出口商品注册登记管理”)，进出口化妆品生产企业卫生注册登记管理制度，3C产品强制性认证制度,进口成套设备的监督管理制度(该项工作更确切的表述应是管理而不是检验),出口危险货物包装容器许可证制度。从技术管理角度来说，这些注册、登记、许可监管制度已包括了生产体系的过程控制、实物产品的前期确认、对体系和实物的后续监管与抽查，这些控制条件下的商品风险已经大大低于对进出口商品的批次抽样检验风险，因此,再列入种类表的强制性检验要求已无必要。但目前这种重复检验竟然占现行商检种类表的50%以上。
第三，出口商检检验依据部分缺失。《行政许可法》规定：“设定行政许可，应当规定行政许可的实施机关、条件、程序、期限”;“行政机关应当将法律、法规、规章规定的有关行政许可的事项、依据、条件、数量、程序、期限以及需要提交的全部材料的目录和申请书示范文本等在办公场所公示。申请人要求行政机关对公示内容予以说明、解释的，行政机关应当说明、解释，提供准确、可靠的信息”。因此，国家商检部门在制定、调整必须实施检验的进出口商品目录(种类表)时,不仅应公布种类表目录，还应同时(而不能滞后)公布与种类表相配套的技术规范、标准、合格评定程序，以便正确、及时执行。但是，我国进出口商检至今为止仍没有完整的技术规范体系，超过一半的商品没有明确适用的检验依据。虽然《商检法实施条例》规定“目录应当至少在实施之日30日前公布”，“技术规范、标准以及检验方法的技术规范和标准，应当至少在实施之日6个月前公布”，但在实际工作中，很多技术规范公布时间不仅滞后于种类表，甚至干脆长期缺失。
第四，商检种类表制定程序存在欠缺。根据《行政许可法》第十九条规定，实施行政许可，特别是涉及公共利益的重大行政许可事项，必须在拟定阶段由起草单位向社会进行公告并举行听证。由于进出口商检目录种类和范围广泛，程序复杂，涉及资源配置与投入巨大，对人身健康、生态环境及进出口贸易等有着直接影响，因此不能不认为种类表设定是与公共利益有密切关系的重大国家行政行为。但《商检法实施条例》仅规定“国家质检总局制定、调整目录时，应当征求国务院对外贸易主管部门、海关总署等有关方面的意见”，是不够充分的，也是不妥的。因为这些部门虽然是贸易主管部门,但仍然是行政机关，不能完全代表公共利益，更不能代表进出口贸易相关人。因此种类表拟定过程中除征询海关总署和商务部的意见外,还应举行听证会或论证会，征求社会各界代表及相关企业的意见 。
