(一)对船舶拍卖款进行债权分配，应遵循依法受偿与利益兼顾原则
经过船舶扣押与拍卖进程，依法对船舶拍卖款进行分配，是实现海事债权的重要程序。当被拍卖的船舶为债务人的主要财产并且不足以清偿债务时，债权分配进程往往交织着不同受偿序位的债权人的利益冲突。首先，应确定参与分配的各个债权的受偿序位，注意理顺与船舶有关的海事债权跟其他一般债权的受偿顺序、具有船舶担保物权的债权与其他海事债权受偿顺序，还需要调整一些特定债权的受偿序位。
1.与船舶有关的海事债权依法先于其他一般债权受偿。海事执行程序中，对船舶拍卖款进行分配不同于破产程序，并不意味着与债务人相关的所有债权均可参与分配。根据《海事诉讼特别程序法》及其司法解释的规定，只有与拍卖船舶相关的海事债权，才能按照该法第十章规定的债权登记与受偿程序参与船舶拍卖款的分配。而与拍卖船舶无关的债权，如其他船舶的船员工资、企业职工工资等，均不属于与拍卖船舶有关的海事债权，不能与相关海事债权同一序位分配。相关海事债权分配完毕后，船舶拍卖款有剩余的，再由其他一般债权人参与分配。
2.具有船舶担保物权的债权依法优先于其他海事债权受偿。船舶担保物权包括船舶优先权、船舶留置权与船舶抵押权。《海商法》对以上三种船舶担保物权分别作出了规定。船舶优先权是指海事请求人依法对被拍卖船舶具有优先受偿的权利，相关海事请求包括：船员工资报酬债权、船舶营运中的人身伤亡赔偿请求、船舶港口规费缴付请求、海难救助款项给付请求、船舶营运损害赔偿请求。需要注意的是，海商法有关船舶优先权的规定仅适用于海船，不适用于内河船舶。而船舶留置权依法由造船、修船的债权人所享有，在合同另一方不履行合同时，可以留置所有人占有的船舶，以保证造船费用或者修船费用得以偿还。《海商法》对以上三种船舶担保物权分别规定了优先受偿的权利。其中船舶优先权先于船舶留置权受偿，船舶抵押权后于船舶留置权受偿。因此，参与分配的债权受偿顺序如下：具有船舶担保物权的债权列在第一序位，与船舶有关的其他海事债权列在第二序位，其他一般债权列在第三序位。前一序位的债权分配后，拍卖款有剩余的，由后一序位的债权受偿。
3.应予适当照顾工资债权以及申请扣押、拍卖船舶的债权人的债权。这些特定债权不具备《海商法》规定的享有优先权的条件。其中，工资债权包括内河船船员工资，企业职工工资，这些债权人数众多，是劳动者基本生活保障。而申请扣船、卖船的债权人承受了风险，垫付了费用，耗费了时间、精力，维护了所有债权人的共同利益。上述债权如无法从船舶拍卖款中获得受偿，有违公平受偿的原则，影响了执法效果。法院在主持债权人会议时，应引导各债权人除遵循法定原则外，还要坚持利益兼顾的公平原则，适当照顾和保障这些工资债权与扣船、卖船申请人的权益。由于需要扣减其他债权分配人的分配款额，这样的协调工作相当艰巨，但只有维护了没有优先受偿序位的弱势群体、扣船和卖船申请人的权益，才能真正做到化解社会矛盾，实践法律效果与社会效果的统一。
(二)应平等赋予内河船舶的船员工资债权与海船船员一样享有船舶优先权
我国的海商法仅适用于海船，包括沿海运输和远洋运输的船舶，但不涵盖内河船舶。据此，涉及船员工资债权所享有的船舶优先权的相关规定，仅限于海船适用。沿海船舶的船员可以享有船舶优先权，而到了内河船舶，却因不能适用海商法，而无法平等地享有船舶优先权。按照1992年《最高人民法院关于学习宣传和贯彻执行<中华人民共和国海商法>的通知》第五条的规定，在内河运输过程中发生的海事海商案件，仍适用《民法通则》、《经济合同法》等有关法律、法规。而上述相关法律法规，对内河船员工资债权均无规定。目前涉及保护内河船舶的船员工资权益的相关立法停滞不前，在船舶优先权方面，内河船舶的船员一直未能平等地享受与海船船员一样的待遇，导致执行中内河船被拍卖后，其船员工资只能作为一般债权参与分配，经过船舶担保物权受偿后，船员往往无法获得受偿。法院为此在主持债权分配过程中非常被动，面临两方面的压力：一方面船员无法受偿时因没有任何救济的手段，往往选择集体申诉上访，社会影响恶劣;另一方面是船舶担保物权人按照生效法律文书及时从拍卖款中获得全额受偿的诉求。由于法律未明确内河船员工资的优先受偿权，法院不能直接裁定作出分配船员工资的方案，只能做担保物权人的工作，说明船员工资不能受偿的社会影响。但毕竟利益衡平须建立在当事人自愿的基础之上，如果担保物权人不同意作出让步，法院受制于办案期限不能久调不结，只能按照法定顺序进行分配。一旦船员工资没有着落，势必对船员及其家庭的生活造成严重影响。日本、葡萄牙和荷兰等国家的内河船员工资优先权都适用各国民法典中的优先权制度，法国在民法典、劳动法典中规定了工资优先权，内河船员工资债权符合条件的可以适用该规定。而意大利内河船员工资适用《航海法典》中船舶优先权的立法规定，将内河船员与海员一并规定，区别于其他的劳动者。鉴于我国目前尚未制定统一的民法典，对劳动者工资优先权仍处于空白的现状，通过立法确定内河船员工资的优先受偿权，将涉及大规模的立法修法工程，建议先以司法解释的形式，参照《海商法》船舶优先权的规定，确定内河船员工资与海船一样平等享有优先受偿权，公平保障船员的工资权益。
