在货物发生毁损、灭失的情况下，承运人的损失赔偿额应当依据以下四个原则计算：
一、当事人对货物毁损、灭失的赔偿额有约定 的，就应当按约定数额进行赔偿。当事人在合同中可能规定了一个总的赔偿数额，也可能规定了一个赔偿额的计算方法。但有的情况下，当事人办理了保价运输。所谓保价运输就是承运人处理托运人。收货人提出赔偿要求的一种方式，即托运人在办理托运货物的手续时或者与承运人签订合同时，向承运人要求进行保价运输，声明货物的价格，并支付保价费。这实际上是当事人之间对货物损害赔偿额的一种约定。一般情况下，保价额相当于货物的价值。托运人办理保价运输的，承运人应当按照实际损失进行赔偿，但最高不得超过保价额。实际损失低于保价额的，按照实际损失进行赔偿。
二、当事人对赔偿额没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
三、如果依照前一原则仍不能确定的，则按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。这里的“交付时”是指货物按时到达了目的地，货物有毁损的情况下，计算市场价格的起算时间;“应当交付时”是指货物没有按时到达，而货物毁损、灭失的情况下，市场价格的起算时间。
四、法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，应当依照其规定进行赔偿。例如民用航空法规定，国内航空运输承运人的赔偿责任限额由国务院民用航空主管部门制定，报国务院批准后公布执行。对托运行李或者货物的赔偿责任限额，每公斤为17计算单位。对于法律、行政法规的这些规定，应当在计算承运人的赔偿额时予以遵守。
需要注意的是，如果托运人在托运货物时自愿办理了货物运输保险的，在发生货物的毁损、灭失等保险事故时，应根据保险合同向保险人索赔。但保险人给付保险赔偿金后取得对承运人的赔偿金的代位求偿权。
