船舶优先权的行使在我国海商法里面的规范有下面几点，具体通过下文分析。
《海商法》第28条规定：“船舶优先权应当通过法院扣押产生的优先权的船舶行使。”在此，“行使”是采用了民事主体行使民事权利的用辞。但是，这个权利一旦须由法院强制才可实现就出现了一个断层。法院所具有的是最高的强制执行的权力，权利与权力之差便产生了一个问题，即民事主体行使权利的强度是有限的，最多是通过法院权力的支持。那么，在船舶优先权的处理上，扣押船舶行使优先权是实现优先权的最终手段所在，也是船舶优先权制度所追求的目标。但是在现实的进程中，扣押船舶的程序必须是当事人要率先找到责任船舶。在此，找到责任船舶就成为当事人实现船舶优先权的先决条件。
我国《海商法》第28条的规定从原则上讲是没有过失的。问题就存在于以这个扣押与一年除斥期间之间究竟是什么关系。无论是“时效”还是“除斥期间”，一般都以权利人提起诉讼而作结。但是船舶优先权却“必须”在1年之内通过海事法院扣船才能行使。这对于当事人充分完整行使自己的民事权利，无疑是一个不小的限制。
究竟船舶优先权的行使是通过起诉还是必须要在1年内扣船，在此存在一个扣船是执行手段还是并人到除斥期间之中的问题。如果是前者，则应该允许权利人在1年除斥期间之内保留船舶优先权;如果是后者，则权利人必须在1年之内扣船行使船舶优先权。由对船舶优先权所保护的海事债权的分析可见，采用扣船与优先权除斥期一致的方式对民事权利人是极为不利的。
(一)人身伤亡的受害人无法及时行使扣船
2003年6月5日某渔船在深圳附近海域爆炸，造成2死4伤，家属和船东忙于抢救达2个多月。而船舶则在经过7～8天的修理后，远赴印度尼西亚海域履行两年的捕鱼合同，其间船舶根本不回国。在这种情况下，受害人根本无法实现自己的船舶优先权。
(二)船舶碰撞在调查期间和寻找期间无法行使船舶优先权
船舶碰撞尤其是大船在夜间或雾天碰撞小型船舶，在寻找肇事船舶方面都需花费大量的精力和时间，尤其是针对出口船舶，其查询和扣押都存在着相当大的难度。例如，某大型外轮在夜间撞沉木制渔船，在根本无法辨认船名的情况下，只好求助海事部门协助。但是该外轮是出口船舶且非班轮，何时能回到中国，适用中国的法律，还是一个未知数。
(三)船舶造成油污的船舶优先权行使
虽然我国《海商法》中排除了对载重2000吨以上并持有财务保证书的船舶的适用，但是这仅仅排除了油船中一部分适用《CLC公约》的船舶，而大部分的油船则还在船舶优先权中第5项中得到保护。漏油、泄油的船舶一般在短时间内极难查清，因此仅给1年的时间，很可能使这一类的船舶优先权形同虚设。
上述案例在船舶优先权的整体案例中占有相当的比例。究其核心问题是扣船是保全性质还是执行性质。如果是保全则就是在保全未进行的情况下，海事请求的实体权利和担保权利都不应受影响;如果是执行性质，则执行期完全可以在时间上不必与诉讼时效或除斥期间相一致。所以，既然法律给了海事请求人以船舶优先权的保护，这种保护就应该尽可能完备和合理。
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