根据《海商法》第十三条的规定，船舶抵押权的设立不以登记为生效条件，登记仅生对抗第三人的效力。因此，未登记的船舶抵押权仍可设立并优于一般债权，但其效力劣于船舶留置权当无疑问。这里仅以已登记的船舶抵押权与船舶留置权的受偿序位作为讨论对象。
《海商法》的默认推论结果与67年公约相同，认为除造船人和修船人外的船舶留置权后于已登记的船舶抵押权受偿。从理论上分析，留置权为法定担保物权，其发生与否并不取决于当事人之间的约定，而抵押权则为意定担保物权。留置权人行使权利可以有效对抗标的物所有人 对物的处分行为，至于留置物是否已经附有抵押权，则非所问。若使留置权人的权利从属于债务人以标的物向他人设立之抵押权，势必使留置权的法定担保物权的功能丧失殆尽。正因如此，1993年公约作出变更规定，“已登记的抵押权、质权或担保物权彼此之间的排列次序及其在不妨碍公约规定的条件下对第三方的效力应根据登记国法律确定。”这一结论在其它各国立法中亦有印证。如美国《统一商法典》及台湾地区《动产交易担保法》均规定留置权优先于抵押权。但应考虑到当事人可以利用留置权的对抗效力，恶意约定债权人对标的物的占有而成立留置权，以妨碍或者排除在标的物上已存的抵押权。因此，应对留置权的对抗效力加以限制，依照物权法草案建议稿的规定，以善意取得的留置权为限。此外，因船舶为动产且其出质非为法律所禁止，故船舶质权亦可能发生。因质押与抵押在性质上相同，因此其与留置权的受偿序位关系准用抵押权与留置权的关系。船舶留置权的受偿序位优先于船舶质权。
