新旧司法解释之间存在直接“抵触”的情况较少，但“不一致”的情形却大量存在，这种“不一致”多数情形下是新的司法解释对此前司法解释进行更进一步的完善或者设置了新的特别规定。
第一，冲突解决的基本原则是“新法优于旧法”。
由于司法解释没有被立法法纳入调整范畴，但鉴于合同法司法解释本身是对合同法实体效力的“解释”，故新旧司法解释的冲突解决机制当然可以适用立法法关于法律冲突的解决规则。根据立法法的规定，同一机关制定的法律文件，特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定；新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定。
这就意味着，针对合同法的司法解释一旦出现新旧法的抵触或不一致时，应当适用“新法优于旧法”的原则来进行效力排序。而且，有的司法解释本身即明确规定了后法的优先适用效力。诸如关于买卖合同的《解释》即规定“本解释施行前本院发布的有关购销合同、销售合同等有偿转移标的物所有权的合同的规定，与本解释抵触的，自本解释施行之日起不再适用”；建设工程施工合同《解释》规定“本解释施行前最高人民法院发布的司法解释与本解释相抵触的，以本解释为准”。
第二，冲突解决的特殊原则是“特别法优于一般法”。
对合同法“一般性”与“特别性”的解释主要体现在针对合同法“总则”和“分则”而产生的解释效力方面。
合同法《解释一》和《解释二》是针对合同法“总则”的产物，故该两项解释即为“一般法”。其他诸如针对建设工程合同、技术合同、商品房买卖合同、租赁合同、买卖合同等所作出的“解释”即是“特别法”。因此，在审理合同法分则中之此类有名合同时，其专门性的司法解释效力优于对总则的解释效力；而且，特别法规定与新法之间存在冲突的，一般应以特别法为准。
关于商品房买卖合同的《解释》更为特殊，因为针对买卖合同作出的《解释》本身是合同法《解释一》和《解释二》的特别法，而商品房买卖合同《解释》又是买卖合同《解释》的特别法。因此，在审理商品房买卖合同时，应当优先适用更“微观”层级的“解释”，即不得用合同法总则或基于总则的司法解释来否认特别法规定。同时，由于各个司法解释的发布机关均为最高人民法院，故各司法解释之间的效力层级本身是平等的，不存在产生“上位法”与“下位法”冲突的空间。因此，只需适用“特别法优于一般法”的原则即可。
总则与分则的不同“解释”导致“不一致”的情形是明显存在的。例如，合同法《解释二》规定了合同法司法解释的适用规则是，合同法施行后成立的合同发生纠纷的案件，本解释施行后尚未终审的，适用本解释。其中，“尚未终审”即包括一审和二审，这与大多数司法解释的适用规则相同。但在建设工程施工合同《解释》中却规定，本解释“施行后受理的第一审案件适用本解释”，从而排除了在建设工程施工合同纠纷的二审程序中适用该司法解释的空间。
