履行铁路货运合同的权利义务分为三个阶段：
一、承运阶段
这是铁路货运合同履行的第一阶段。这个阶段有的可能与签订合同同时进行，有的则可能分别进行。所谓承运，就是承运人接受货物并开始运输生产活动。从本质上说，铁路货物运输的性质是承运人提供具有服务性的运输劳务行为，承运人通过自己的运输行为，实现货物的位移目的。运送货物是铁路货运合同的第一目标。如果没有货物，则不存在合同的履行。因此，合同履行，都是围绕着货物这个特定物的位移开展的。
在铁路货物运输中，零担货物运输合同通常在签订合同时当事人就要履行相应的义务。比如，你到车站托运货物，应当把货物交付给承运人，承运人确认收到货物，才与你签订合同。如果你与承运人商量第二天交付货物，则合同也可以成立生效，但交付货物的义务的时间不是当时而是第二日。托运人支付运费也是一样，可以当即支付也可以在约定的时间支付运费，甚至可以约定由第三人即收货人支付运费。这一阶段，履行的主体即合同的主体为托运人与承运人，履行的工作内容为交付货物、支付运费。围绕这两大项工作，其权利义务分别为：
(1)托运人履行铁路货运合同的义务，主要有以下几个方面：
第一，托运人应当按照铁路货运合同的约定及时向铁路承运人提供运输的货物。货物是运送的对象，也是履行铁路货运合同的主要内容。只有托运人提供了运输的货物，铁路货运合同的履行才能开始。否则，其他义务的履行就难以进行。
第二，托运人应对运输的货物进行包装，以保证运输安全的需要。对于包装不良的，铁路承运人有权要求托运人予以改善。如果托运人拒绝改善，或者改善后仍然不符合国家有关运输包装规定要求的，铁路承运人有权拒绝承运。
第三，托运人要按照规定支付运输费用。运输费用可以约定在托运时交付，也可约定在到站时由收货人交付。但铁路零担货物运输的运费原则上都在发运时由托运人支付。如果托运人不支付运费，铁路承运人可以不予承运。
第四，托运人要如实申报货物的品名、重量和性质。这是托运人的基本义务之一。因为不同货物的运输，其安全条件不同。危险品货物必须按照危险品的规定运输;鲜活货物要按照鲜活货物的规定运输。如果托运人匿报品名，把危险品按照普通货物运输，就可能造成铁路运输事故。匿报重量，就可能造成铁路行车事故。因此，托运人如实申报是其基本义务。
第五，如果是保价运输的，要声明价格，并按保价运输支付保价费。
(2)承运人：接受并验收货物;提供符合运输条件的运输车辆;组织装车;对托运人自装车辆办理交接。
二、运送阶段
这是合同履行的第二阶段。这个阶段实际上是将承运人通过运力的使用实现货物位移的阶段。运输劳务行为既包括在承运车站时的的一个点上的服务活动，也包括货物在运输途中的一条线上的服务活动。运送阶段主要解决的从发站到终到站的运输途中线上的服务行为。这个阶段的履行，是承运人履行运输劳务行为义务，承运人必须通过自己的行为实现物的位移。承运人基本义务包括两项：一是保障货物安全的义务;二是及时将货物运到到站的义务。
三、交付阶段
交付阶段，是承运人与收货人交接货物的过程。承运人的履行是要保证及时将货物交付给收货人，并且要保证货物的安全、完好、完整。这个阶段，承运人的义务一是要及时通知收货人到站领取货物;二是要与收货人清点交接货物;三是如果发现多收运费的要退还给收货人。
收货人作为铁路货运合同的第三人，具有相应的权利义务。但是，收货人只有在行使权利的时候，承运人才有权要求其履行相应的义务。如果收货人拒绝行使权利，则承运人也无权要求收货人履行义务。
就货运合同的履行而言，收货人的履行是托运人的履行的一部分。它的基本义务包括：第一，及时到车站领取货物，逾期领取要承担保管费;第二，补交托运人未交的运费以及运输途中发生的其他费用;第三，规定由收货人组织卸车的要及时组织卸车。
如果收货人拒绝领取货物，铁路承运人应当及时通知托运人到站处理。则有关收货人货物交付的权利义务由托运人承担。
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