根据最高人民法院关于《民事案件案由规定(试行)》的精神，确定案由应当针对当事人讼争的法律关系和具体争议，因此，此类案件的案由应确定为海上货物运输合同集装箱超期使用费纠纷。具体可分为：承运人向托运人、收货人或提单持有人单独主张集装箱超期使用费的，案由应定为海上货物运输合同集装箱超期使用费纠纷;承运人向托运人、收货人或提单持有人主张运费以及集装箱超期使用费的，案由应定为海上货物运输合同运费、集装箱超期使用费纠纷。以此类推。如果是货运代理入作为受托人在向承运人支付了集装箱超期使用费后，向其委托人催讨该代垫费用的，不属于海上货物运输合同集装箱超期使用费纠纷，案由应定为货运代理合同欠款纠纷。
六、海上货物运输合同集装箱超期使用费纠纷案件的原告
此类案件的原告，通常是集装箱所有人或经营管理人。根据目前的海运实践，具体可分成以下四种类型：1、具有法人资格的船公司，在公司内部设立箱管部门，专门负责集装箱的回收和管理，箱管部门以船公司的名义对外建立法律关系，签署集装箱设备交接清单、收取押箱费等。船公司可以作为原告起诉;2、具有法人资格的船公司依法设立的航运分公司，在航运分公司内部设立箱管部门，专门负责集装箱的回收和管理，箱管部门以航运分公司的名义对外建立法律关系，以航运分公司的名义签署集装箱设备交接清单、收取押箱费等。航运分公司系在我国依法设立并领取营业执照的，除船公司外，航运分公司也可作为原告起诉;航运分公司非依法设立或虽依法设立但末领取营业执照的，由船公司作为原告起诉;3、船公司与国内船务或船舶代理公司签署箱管协议，委托国内船务或船舶代理公司负责在我国境内集装箱的回收和管理。而国内船务或船舶代理公司的箱管部门是以国内船务或船舶代理公司的名义对外建立法律关系，以国内船务或船舶代理公司的名义签署集装箱设备交接清单、收取押箱费等。除船公司外，国内船务或船舶代理公司也可作为原告提起诉讼;4、其他符合法律规定的有权收取集装箱超期使用费的法人或其他组织。
七、海上货物运输合同集装箱超期使用费纠纷案件的被告
此类案件的被告。通常是使用或实际占用集装箱的收货人或托运人。根据目前的海运实践，具体可分为以下五种情形：1、收货人提取货物后，未在免费使用期限内及时归还集装箱的，根据《海商法》第七十八条关于“承运人同收货人、提单持有人之间的权利、义务关系，依照提单的规定确定”的规定，可以列该收货人为被告;2、收货人迟延提货，客观上造成使用集装箱超过免费使用期限，根据《海商法》第七十八条的规定，可以列该收货人为被告;3、收货人拒绝提取货物，客观上造成使用集装箱超过免费使用期限，根据《海商法》第七十八条的规定，可以列该收货人为被告;4、提单未经正常流转而仍由托运人持有的，托运人作为运输合同的一方应当负有及时到目的港提货及处理其他相关事务的义务，否则应承担相应法律责任，故可以列该托运人为被告;5、在卸货港无人提取货物，客观上造成集装箱被长期占用甚至处于海关监管之下，无法投入正常周转的，根据《海商法》第八十八条关于“卸货港无人提取货物，承运人可以申请法院裁定拍卖;拍卖所得价款，用于清偿保管、拍卖货物的费用和运费以及应当向承运人支付的其他有关费用;不足的金额，承运人有权向托运人追偿”的规定，可以列该托运人为被告。而在卸货港无人提取货物又可细分为：收货人不明确而无人向承运人或其代理人提取货物，或者虽有人要求提货但不能证明其是合法收货人(如没有正本提单)，或者虽有明确收货人但无法通知其提货等情况，但不包括收货人持有提单而拒绝提货的。
