民事诉讼中“谁主张，谁举证”的举证原则，即原告应当对违约事实、违约责任及其赔偿或补偿方面承担举证责任，这也符合《若干解释》第二十七条关于原告的举证责任的规定。综上所述，在行政合同诉讼过程中举证责任原则为：行政机关在证明其行政合同行为合法性方面负主要举证责任;在行政合同违约责任及其赔偿或补偿方面，原告负主要举证责任。
3、行政合同诉讼可以适用调解。
《行政诉讼法》第五十条规定：人民法院审理行政案件，不适用调解。那么，行政合同诉讼能否适用调解呢?笔者认为，行政合同诉讼也可以适用调解，其理由：《行政诉讼法》第六十七条规定行政侵权赔偿诉讼可以适用调解，《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》第三十条规定，人民法院审理行政赔偿案件在坚持合法、自愿的前提下，可以就赔偿范围、赔偿方式和赔偿数额进行调解，也就是说与行政诉讼关系非常密切的行政侵权赔偿诉讼还是可以适用调解的。调解在民事、商事和刑事自诉案件中作为一种工作方式和结案方式，其优点很多，如方法灵活、程序简单、自动履行率高等，且行政合同是基于当事人意思表示一致而成立的，这种合意成了对行政合同纠纷进行调解的法律基础。因此，可以将调解制度引入行政合同诉讼中，以促进纠纷的解决，提高办案效率。
4、行政合同诉讼的判决方式。
法院在审理行政合同诉讼中，应当先审查行政合法性以及行政机关在合同履行中行使职权的合法性。对案件的审理要应用行政法的原理及有关行政合同的特殊原则和规定，对尚无法律规定的部分，也可以依照合同约定或参照民事法律的有关规定，除调解结案外，依法作出判决。
根据《行政诉讼法》及《若干解释》的有关规定，目前行政诉讼的一审行政判决方式有：维持判决、撤销或部分撤销判决、责令履行法定职责判决、变更判决、确认判决、驳回诉讼请求判决，但对变更判决和确认判决的适用范围作了规定。必须符合一定的条件才能适用。笔者认为行政合同也能适用变更判决和确认判决。其理由：
(一)《行政诉讼法》第五十四条规定，行政处罚显失公正，可以判决变更。行政合同虽不是行政处罚，但行政合同在履行过程中，行政机关在行使变更合同内容、对相对人监督、制裁相对人的违法行为等优益权时，可能会使行政合同显失公正，因此情况，应可以适用《行政诉讼法》第五十四条规定。对行政合同作出变更判决。
(二)《若干解释》第五十七条规定了可适用确认判决几种情形，行政合同不在其范围之内。而行政合同行为是行政机关在缔结和履行合同时实施的行为，它与行政合同之间存在着某些依存关系，双方当事人的权利义务除法律规定外，还需由行政合同予以确定，且合同的价值在于其有效性，有违法之处的合同未必无效。因此，必须对行政合同的效力，具体行政行为的合法性予以确认，以及可以对行政合同而产生的补偿或赔偿范围、数额等予以确认。如行政机关a与相对人b签订了一份土地有偿出让合同。b在履行合同的过程中，认为自己在签订合同时被行政机关欺骗，向行政机关提出解除合同的请求，但a行政机关不同意，于是b向法院提起行政诉讼，请求法院确认该行政合同无效，如法院经审理认为，原、被告之间签订的土地有偿出让合同有效，那么就应当作出确认该行政合同有效的判决。
