特许经营合同的重要特征是特许人将其经营资源特许给被特许人使用，被特许人应当在统一的经营模式下使用特许人的经营资源。但如何认定特许人拥有的经营资源，在审判实践中存在较大的分歧。
首先，《商业特许经营管理条例》第三条规定了注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源，一般认为特许经营包括但不限于上述内容。如何理解这里的“企业标志”?企业名称、商号是不是“企业标志”?如果企业名称、商号属于企业标志，则其当然属于经营资源；如果企业名称、商号不属于企业标志，则其是否属于经营资源?笔者认为，企业名称具有一定的人身权属性，但商号具有较强的财产权属性，应当属于企业标志。
其次，商业秘密是不是经营资源?非注册商标是不是经营资源?一种观点认为，既然《商业特许经营管理条例》明确规定注册商标是经营资源。则排除了非注册商标成为经营资源的可能；另一种观点则完全相反，认为《商业特许经营管理条例》只是规定注册商标是一种经营资源，并未排除非注册商标成为一种经营资源。笔者认为，商业秘密、非注册商标都可以成为经营资源。
最后，经营模式是不是经营资源?一种观点认为按照《商业特许经营管理条例》第三条的规定，经营模式不是经营资源，但另一种观点认为，经营模式也是一种经营资源，其法律依据是《商业特许经营信息披露管理办法》第五条有关特许人“以书面形式向被特许人说明能够提供的注册商标、企业标志、专利、专有技术、经营模式及其他经营资源情况”的规定。我们倾向于不将经营模式作为特许经营资源。
特许经营费用是被特许人使用特许人经营资源的对价，也是认定特许经营合同性质的一个要件。当事人在特许经营合同中明确约定了特许经营费用的，通常可以直接根据该约定认定特许经营费用。实践中一些当事人在实际订立的合同中要求被特许人支付的费用名目繁多，包括特许经营费，特许代理费、加盟费、品牌使用费、品牌权益金、品牌保证金、经营保证金、权益保证金、参股保险金、定金、订金、押金、货款、盈利提成等。
虽然名称不统一，但是在约定“特许经营费、特许代理费、加盟费、品牌使用费、品牌权益金、品牌保证金”等费用名目的情况下，一般还是可以将该约定费用与特许经营费用对应起来。也有相当比例的特许经营合同并未约定带有上述字样的费用，而是仅约定了“保证金、保险金、定金、订金、押金、货款、盈利提成”等费用名目。在发生纠纷后，特许人经常提出的抗辩主张是，合同中未约定被特许人应支付特许经营费用，故不同意返还特许经营费用，甚至以此否定合同性质。
笔者认为，特许人收取特许经营费用的依据在于其对特许经营资源所享有的收益权，而被特许人支付特许经营费用是作为其使用特许人经营资源所支付的对价。收取特许经营费用是特许人的权利，支付特许经营费用是被特许人的义务。特许人可以行使权利，也可以选择放弃行使该权利。如果特许经营合同中未约定特许经营费用的相应条款，根据意思自治原则，应当视为特许人放弃收取特许经营费用的权利，而不能因为合同中未约定特许经营费用就否定其特许经营合同的性质。
此外，特许人与被特许人虽然没有约定明确具体的特许经营费用，但约定了其他名目的费用，并且特许人通过其他名目的费用已经能够实现其许可他人使用其经营资源获得收益的经济目的，已经体现了特许经营合同的有偿性特征，则应将该费用认定为特许经营费用，而不能以合同中未约定特许经营费用就否定其特许经营合同性质。
