一、确认农村四荒地承包合同无效不应受诉讼时效限制的法律依据
《合同法》第五十六条 无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。
上述规定表明，合同无效不取决于合同是否已经履行及合同经历的时间长短。所谓无效合同自始无效、绝对无效亦即此意。农村土地承包合同亦应遵照这一原则。
《最高人民法院关于审理农业承包合同纠纷案件若干问题的规定(试行)》(下称《农业承包合同规定》)第二十五条 人民法院在审理依本规定第二条所起诉的案件中，对发包方违背集体经济组织成员大会或者成员代表大会决议,越权发包的，应当认定该承包合同为无效合同，并根据当事人的过错，确定其应承担的相应责任。
属本条前款规定的情形，自承包合同签订之日起超过1年，或者虽未超过1年，但承包人已实际做了大量的投入的，对原告方要求确认该承包合同无效或者要求终止该承包合同的，人民法院不予支持。但可根据实际情况，依照公平原则，对该承包合同的有关内容进行适当调整。
二、诉讼时效对无效农村四荒地承包合同合同的影响
许多学者认为，最高法院在此问题上采取了原则上无效和无效例外的法律规则，但正如有的学者指出，最高法院的上述规定虽然有利于在实践中根据具体案情的不同适当平衡发包方及承包方的利益关系以及农业生产的稳定发展，但其内容却在一定程度上造成理论根据上的矛盾和法律适用上的混乱。理由如下：
《农业承包合同规定》出台时，《合同法》尚未公布实施。但在《合同法》实施后，该司法解释第二十五条的规定明显与《合同法》相抵触。这也是该司法解释一出台便遭到学界诟病的原因之一。根据《合同法》对于无效合同情形的规定，合同一旦被认定为无效，就不存在例外的情形，同时也没有规定主张合同无效的诉讼时效。而且从《合同法》相关条文的表述来看，可以合理推定作为一种自始没有法律约束力的违法合同，无效合同也不应存在诉讼时效的限制。
此外，随着《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》实施，《农业承包合同规定》也于2008年12月8日由《最高人民法院关于废止2007年底以前发布的有关司法解释(第七批)的决定 》(法释[2008]15号)明令废止，在今后审理案件中不再适用。
诉讼时效制度的功能在于维护新的事实状态，限定的是否定新的事实状态的权利的存续期间。而对无效合同确认加以时间限制的目的却在于维护既存且稳定的事实状态，不使其因某合同被确认无效而被破坏，限定的是否定既存事实状态的权利或权力。因此，诉讼时效与合同无效确认时间限制的价值追求不同，前者不能实现后者所要达到的目的。如果认为确认合同无效应受时效的限制，则在一定的时间经过以后违法的合同将变成为合法的合同，违法的行为将变成合法的行为，违法的利益将变成为合法的利益，这无疑违背了立法宗旨。
此外，诉讼时效的客体一般限于债权请求权，但无效合同的确认请求权不属债权请求权，而具有形成权的属性，此类性质的权利一般不宜或难以规定诉讼时效。如《合同法》对于追认权就没有规定权利人的追认时限。但是对于合同被确认无效后请求返还财产、赔偿损失的权利则应受到诉讼时效的限制，这有利于督促当事人行使权利，尽快解决纠纷。
从最高人民法院关于无效合同所涉诉讼时效问题的规定(征求意见稿)》第一条“当事人对确认合同无效请求权提出诉讼时效抗辩的，人民法院不予支持，但当事人可以对作为债权请求权的返还财产、赔偿损失请求权提出诉讼时效抗辩。”及第二条“返还财产、赔偿损失请求权诉讼时效期间的起算：方案一、二、三”的规定看，基本上也持上述观点。
