1、民事法律后果之一：折价补偿，即工程验收合格时参照合同约定工程价款折价补偿
建设工程施工合同被确认无效后，如果建设工程经竣工验收合格或者修复后验收合格(修复费用由承包人承担)的，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，法院应给予支持。
无效合同自始没有法律约束力，不能产生当事人预期的法律后果，无效合同的法律后果之一是返还财产，恢复原状。但由于建筑工程施工合同的承包方将其劳动和建筑材料已经物化到建筑工程上了，在建筑工程施工合同无效的情况下，不具有返还财产的可能性，因此只能采用折价补偿的方式处理。上述司法解释采用参照合同约定结算工程价款作为折价补偿的原则，而没有采用以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值的补偿原则。
2、民事法律后果之二：不支付工程款，即对质量不合格且不能修复的工程，发包方有权不支付工程款
依据上述司法解释的规定，合同无效，承包人对建设工程进行修复后，若经竣工验收仍不合格，则对于承包人请求支付工程款的诉讼请求，法院不予支持。
3、民事法律后果之三：过错赔偿
建设工程施工合同无效，且建设工程不合格的，对于因建设工程不合格造成的损失，若发包人有过错，则发包人也应承担相应的民事责任，即对承包人不能得到工程价款的损失按照过错承担赔偿责任。
4、民事法律后果之四：法院收缴当事人已经取得的非法所得
依据上述司法解释第四条的规定，对于因承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际实工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的，人民法院可以根据民法通则第一百三十四条的规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
