合同中关于“特殊约定”的法律问题是属于民法上当事人约定和格式条款的问题。合同中“除当事人有约定除外”中的“特殊约定”是指在当事人根据真实意思表示签订了合法的合同时，该当事人的合同约定要优先于法律的规定，但是当事人的约定不能违反法律，行政法规等国家强制性规定。这样的法律规定体现了我国民法的意思表示优先的法律原则。另外，您描述的格式合同条款和特殊约定是两个不同的法律概念。
在我国，格式条款是指当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。格式条款的具体规定由《合同法》39，40，41条以及相关司法解释进行规定。
相关法条：《中华人民共和国合同法》
第三十九条 采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。
格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
第四十条格式条款具有本法第五十二条和第五十三条规定情形的，或者提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利的，该条款无效。
第四十一条对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
