(二)国有独资公司的权利机构
前文已经论述，股东(大)会是公司的权利机构，对公司重大事项实行决策权。但国有独资公司作为一种特殊类型的公司，其权利机构也具有一定的特殊性。根据公司法第六十七条的规定，国有独资公司不设股东会，由国有资产监督管理机构行使股东会职权。国有资产监督管理机构可以授权公司董事会行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项，但公司的合并、分立、解散、增减注册资本和发行公司债券，必须由国有资产监督管理机构决定;其中，重要的国有独资公司合并、分立、解散、申请破产的，应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准。至于何谓重要的国有独资公司，应当按照国务院的规定确定，通常是指那些关系国家安全和国民经济命脉的重要行业和关键领域中的国有独资公司，包括涉及国家安全的行业，自然垄断的行业，提供重要公共产品和服务的行业以及支柱产业和高新技术产业中的重要的国有独资公司。
根据第六十七条的规定，一般情况下，由国有独资公司的董事会来行使公司法第三十八条规定的股东会的部分职权，具体包括决定公司的经营方针和投资计划、审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案，审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案等等，具体职权需要根据国有资产监督管理机构的授权来确定。但对于公司的合并、分立、解散、增减注册资本和发行公司债券这五项涉及所有者权益的核心问题，则只能由公司出资人的代表即国有资产监督管理机构来决定;其中，重要的国有独资公司合并、分立、解散、申请破产的，还应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准。法律的这一规定，不仅符合公司法的基本原理与我国的实际情况，而且有利于保证国家对国有独资公司的最终控制权。
(三)国有独资公司的董事会和经理
为了完善公司法人治理结构，加快建立现代企业制度，适应新的国有资产管理体制的要求，依法规范地行使出资人权利，国有独资公司应当设立董事会。其董事会的职权与一般有限责任公司的职权相同，因此应当依照公司法第四十七条的规定依法行使职权。但国有独资公司董事会的职权范围比一般有限责任公司董事会的职权更宽泛，因为其可以根据国有资产监督管理的授权行使公司股东会的部分职权。因此，国有独资公司的董事会除按第四十七条的规定依法行使其本身职权外，还可以依据第六十七条的规定行使股东会的部分职权。
公司董事的每届任期不得超过三年。为了调动职工的积极性，体现社会主义国家全心全意依靠职工群众，维护职工权益的根本要求，法律还规定，国有独资公司的董事会成员中应当有公司职工代表。为了维护出资人权益，董事会成员由国有资产监督管理机构委派;但是为了完善法人治理结构，推行职工民主管理，董事会成员中的职工代表由公司职工代表大会选举产生。董事会设董事长一人，可以设副董事长。但与一般的有限责任公司不同，国有独资公司的董事长、副董事长不是通过董事互选产生的，而是由国有资产监督管理机构从董事会成员中指定的，这是由国有独资公司董事会承担股东会部分职权这一特殊要求所决定的。[page]
为了提高董事会的工作效率，减轻其工作负担，公司法第六十九条规定，国有独资公司设经理，由董事会聘任或者解聘。同一般有限责任公司的经理一样，国有独资公司的经理也是辅助董事会执行业务的人员，因此其应当依照公司法第五十条关于有限责任公司经理的相关规定行使其职权。本着精简机构、提高效率的工作原则，我国公司法还规定，经国有资产监督管理机构同意，董事会成员可以兼任经理。
为了督促董事会成员和高级管理人员勤勉谨慎地忠实工作，为国有资产的保值增值尽心尽力，公司法第七十条规定：“国有独资公司的董事长、副董事长、董事、高级管理人员，未经国有资产监督管理机构同意，不得在其他有限责任公司、股份有限公司或者其他经济组织兼职。”
(四)国有独资公司的监事会
国有独资公司是由国家单独投资设立的，其资本全部是国有资产，为了保证投入到国有独资公司的国有资产通过生产经营活动能够得到保值和增值，必须加强对国有独资公司的监督。因此，完善国有独资公司的治理结构，健全其监事会的设置和工作机制，保障监事会切实起到对董事会、经营管理人员行为的监督制约作用是十分必要的。
根据公司法第七十一条的规定：“国有独资公司监事会成员不得少于五人，其中职工代表的比例不得低于三分之一，具体比例由公司章程规定”。可见，新公司法不仅调整了监事会的人员比例，由以前的最低三人调整为现在的最低五人，充实了监事会的监督力量，而且明确规定了职工监事的比例不得低于三分之一，有利于更好地发挥职工的主人翁作用。
监事会成员由国有资产监督管理机构委派;但是，监事会中的职工代表由公司职工代表大会选举产生。监事会主席由国有资产监督管理机构从监事会成员中指定。
