从股票交易实践可以看出，证券交易所有助于保证股票市场运行的连续性，实现资金的有效配置，形成合理的价格，减少证券投资的风险，联结市场的长期与短期利率。但是，证券交易所也可能产生下列消极作用：
1.扰乱金融价格。由于证券交易所中很大一部分交易仅是转卖和买回，因此，在证券交易所中，证券买卖周转量很大，但是，实际交割并不大。而且，由于这类交易其实并非代表真实金融资产的买卖，其供求形式在很大程度上不能反映实际情况，有可能在一定程度上扰乱金融价格。
2.易受虚假消息影响。证券交易所对各类消息都特别敏感。因此，只要有人故意传播不实消息，或者谎报企业财务状况，或者散布虚有的政治动向，等等。都可能造成交易所价格变动剧烈，部分投机者就会蒙受重大损失，而另一些人则可能大获其利。
3.从事不正当交易。从事不正当交易主要包括从事相配交易、虚抛交易和搭伙交易。相配交易是指交易者通过多种途径，分别委托两个经纪人，按其限定价格由一方买进、一方卖出同种数量的证券，以抬高或压低该证券的正常价格。虚抛交易是指交易者故意以高价将证券抛出，同时预嘱另一经纪人进行收购，并约定一切损失仍归卖者负担，结果是可能造成该证券的虚假繁荣。搭伙交易是指由两人以上结伙以操纵价格，一旦目的达成后，搭伙者即告解散，包括交易搭伙(搭伙者或者在公开市场暗中买进其所感兴趣的证券以免这些证券的价格抬高，或者通过散步对公司不利的消息压低其欲购进的股票价格)和期权搭伙(投资者按有利的价格购买证券，这通常是通过打通公司董事会而获得，一般是从获利中的一部分私下返回给董事)。
4.内幕人士操纵股市。由于各公司的管理大权均掌握在大股东手中，所以这些人有可能通过散布公司的盈利、发放红利及扩展计划、收购、合并等消息操纵公司股票的价格;或者直接利用内幕消息牟利，如在公司宣布有利于公司股票价格上升的消息之前先暗中买入，等宣布时高价抛出;若公司将宣布不利消息，则在宣布之前暗中抛出，宣布之后再以低价买入。
5.股票经纪商和交易所工作人员作弊。在证券交易所进行交易时，股票经纪商的作弊行为可能有倒腾(即代客户一会儿买入一会儿卖出，或故意紧张地劝说客户赶快买入或卖出，以便其从每笔交易中都可获佣金)、侵占交易佣金、虚报市价、擅自进行买卖从而以客户的资金为自己谋利、或者虚报客户违约情况从而赚取交易赔偿金。交易所工作人员的作弊方式可能有：自身在暗中非法进行股票买卖、同时股票经纪商串通作弊或同股票经纪商秘密地共同从事股票交易。
