在对自营业务的风险进行识别后，就进入风险处理阶段。这一阶段可以说是风险管理的实质性处置阶段：对各种可能引发自营业务风险的原因分别采用相应的措施和办法加以控制，力图将风险对自营业务经营造成的损失减到最小的过程。对其风险处理整体性的概述，以便从更全面的角度对自营业务进行有效管理，以降低其风险。
1.遵守法规，规范操作。1999年7月《证券法》的正式实施，标志着中国证券市场进入法制化、规范化发展的新时期。自营业务必须遵守相关的法律法规进行规范操作。对投资银行自营业务有如下的法律限制：自营业务必须使用自有资金和依法筹集的资金；自营业务必须以自己的名义进行；投资银行不得将其自营账户借给他人使用、不得进行内幕交易、不得有操纵市场行为；上市公司或其关联公司持有证券公司10%以上的股份时，证券公司不得自营买卖该公司的股票。
2.加强自营调研与策划。自营调研与策划作为实施自营业务的准备工作或者说可行性研究，对于自营成败有着关键性的意义。随着市场规模的逐渐扩大、投资品种的日益增多，自营投资对象的选择余地也越来越大。因此，在作出投资决定之前，应对投资对象进行深入的调查研究，在此基础上进行周密的策划。
3.实行自营分级决策。为尽可能降低自营管理与决策不当导致的风险，自营业务宜采取分级管理、分级决策的原则。自营决策可根据相应权限不同，分为三个层次：自营决策领导小组是最高决策层；分管自营的总经理(或副总经理)为第二决策层；自营部门为第三决策层。每个决策层都有明确的职责与权限。一般情况下，不能越权行事。但在紧急情况下，有关人员可根据谨慎的原则自行决定，将有关决定作成书面材料保存，并承担相应责任。
4.审时度势，控制规模。自营决策者与操作者对市场大势的正确判断，以及选择适当的时机进出市场，是自营获利的关键。我国股市曾经有很长一段时间个股齐涨齐跌，对大势判断正确，就可以看对个股走势。此后，随着股市的迅速扩张，个股逐渐分化，开始表现出相对独立的个性，但大势分析仍有其不可替代的重要性。对我国股票大势影响较大的因素主要有：宏观、微观经济形势、股市供求关系、政府对股市的调控政策、投资者心理预期、投资行为和投资理念等。投资银行在综合分析影响大势走势的各种因素后，得出对大势走向的一个基本判断。在判断的基础上，证券公司再确定离场、进场的时机，决定一定时期自营业务的最佳规模，包括这一时期投入资金的总量、选择哪些投资对象、各投资对象投入资金的分配等。
5.组合投资，分散风险。现代投资理论表明，组合投资可以在控制风险与获取最大收益之间谋求一种平衡。就证券公司的自营业务来讲，组合投资主要体现在两个方面：一是自营资金应在低风险的非权益类品种(如国债)与高风险的权益类品种(主要是股票)之间进行合理分配；二是股票投资自身还要进行分散以降低风险。
6.加强自营业务的资金管理和账务管理。为控制自营风险，确保资金安全，自营业务经营资金的划拨与清算应由公司总部集中统一管理。同时，自营业务的资金清算和账务核算应由总部的资金管理部门负责办理，自营部门不得兼办。自营业务与代理业务的核算应严格分开。此外，自营部门应设置交易操作记录簿，详细记录每日操作情况，并设置交易台账，用以详细记录每日成交情况，并定期与财会部门核对库存。自营部门应及时编报自营交易报表，上报公司领导。
7.建立自营业务操作记录档案。为了及时掌握公司自营业务动态，同时也为了健全自营操作的责任与权利，降低操作的风险，投资银行必须建立完整的自营操作记录档案，一般可按投资项目进行细分，并定期由公司财务部门、稽核部门等组成的风险检查小组对各个自营项目的原始记录进行审核，将可能出现的风险降到最低。
8.建立自营业务保密制度。自营业务的关键在于先人一步获取买卖差价。通常，投资银行自营业务少则动用几千万多则上亿资金，在投资操作某个具体项目时必然会对价格产生影响，一旦提前走漏消息，则很可能抬高项目成本，甚至无法获取利润。因此，能否做到信息严格保密很大程度上关系到自营业务的成败。为此，从自营项目策划到具体操作直至结束的全过程中，证券公司必须建立严格的保密制度与隔离制度。
9.实行资产比例量化管理。资产比例量化管理是证券公司控制自营业务风险对公司的整体影响，贯彻稳健经营方针所运用的规范性措施。在具体操作中，应遵守如下规定：负债总额与净资产之比不得超过10:1；流动性资产占净资产的比例不得低于50%；自营账户上持有的权益类证券按成本价计算的总金额，不得超过净资产的80%；持有一种非国债类证券按成本价计算的总金额不得超过净资产的20%；买入任一上市公司股票按当日收盘价计算的总市值不得超过该公司已流通股总市值的20%。
