商业银行在合并过程中及合并完成后，均面临着保护银行债权的问题，任何疏于债权的保护，均可能造成商业银行的债权损失。这里主要涉及到债权由谁主张，商业银行的授权问题，以及各种时效和期间。各种时效和期间均与时间密切相关，而时间是不以人们的意志为转移的，它勇往直前，永不停息，一旦疏忽，可能造成超过诉讼时效、上诉期限等规定以及保证期间的逾越等等，将会给商业银行造成不可弥补的损失。
(一)关于合并后商业银行债权由谁主张问题
商业银行合并后原来的所有债权均应由合并后的商业银行来向债务人依法及时主张。在诉讼方面，根据最高人民法院《关于在经济审判工作中执行<民事诉讼法>(试行)若干问题的意见》中规定，在诉讼过程中，商业银行合并，要及时变更诉讼当事人，企业合并的，由合并后的新商业银行作为诉讼当事人。
(二)关于银行合并后原商业银行总行的授权问题
中国人民银行《商业银行授权、授信管理暂行办法》中规定，授权的商业银行业务职能部门和分支机构合并的，原商业银行总行授权应终止。
中国人民银行要在商业银行合并的过程中发挥自己的监管职能，依法履行商业银行的合并行为的审批权和监督职责，不能强令商业银行合并和直接干预商业银行的合并过程。尤其是不能强令一个健康的商业银行超过其承受能力吸收合并问题严重的商业银行，导致健康的商业银行被拖垮或者拖死，造成不应有的损失。
在依法行使商业银行合并审批权时，要严格把关，对旨在扩大规模，提高市场竞争力的合并，应注意合并是否会导致垄断，妨碍公平竞争；对旨在防范和化解金融风险的合并，要注意防止将若干有问题的商业银行捆在一起延缓金融风险爆发的权宜之计，此中合并可能将导致更大的金融风险，从而使商业银行的合并走向合并愿望的反面。对此，我们有深刻的教训。即使对一定有能力吸收合并有问题的商业银的健康商业银行，也要考虑其实际承受力。
