1.我国关于中外合作办学的政策滞后
自1995年1月公布《中外合作办学暂行规定》至今10年有余，但中外合作办学发展缓慢，目前中外合作办学的教育机构不多，招生规模不大。《2005中国大学指南》公布的全国1671所普通高等学校
2004年的招生情况，其中只有不足100所高校参加中外合作举办本专科专业;2004年全国普通高等学校本专科计划招生400万人(实际招生447.34万人)，中外合作办学的本专科专业纳入国家计划内招生，但总共只招生1万余人，不足招生总数的0.5%。中外合作办学发展缓慢，国家相关政策滞后是其原因之一。比如，1995年颁布的《中外合作办学暂行规定》仅把中外合作办学定位为“中国教育事业的补充”，直至2003年3月才出台《中外合作办学条例》，2004年6月才出台《中外合作办学条例实施办法》。又如，国家至今尚未制定鼓励在西部地区、贫困边远地区开展中外合作办学的扶持与优惠政策。
2.中外双方关于合作办学的国家政策目标脱节
2003年11月，OECD与挪威教育部共同在挪威召开“第二届教育服务贸易论坛”，我国也派出代表团出席。某些OECD国家(尤其是澳大利亚、新西兰和英国)政府的主导策略是促使教育成为一种出口产业，把教育视为一种增加收入的贸易。针对这一情况，中国代表在发言中指出：我们认为，过分强调教育服务贸易自由化，尤其是对发展中国家从“教育援助”变为“教育贸易”，有可能进一步扩大发展中国家与发达国家的“教育鸿沟”，会损害发展中国家的利益。我们也认为，追求经济收益不应成为各国跨境教育的主要目标。教育部在《关于当前中外合作办学若干问题的意见》中也明确指出：“坚持中外合作办学的公益性原则。教育是以培养人才为根本目标的崇高的社会公益性事业。教育服务不是货物贸易，也不同于一般的服务贸易。要正确把握中外合作办学的宗旨和性质。”从20世纪70年代中期开始，美国服务业连年保持顺差，教育出口在其中扮演了重要角色，在十大出口服务业中，名列第四，仅次于旅游，运输和金融;1984年澳大利亚政府确立了将国际教育作为一种外销产品的立场，同英国一样，都是开拓各种“在地留学”(offshore education)课程最积极的国家。这表明，我国关于中外合作办学的公益性事业的目标定位，与OECD国家把发展跨境教育作为追求经济利益的目标定位两者之间严重脱节。
3.中外合作办学的地域分布东西失衡
我国的政策目标强调西部地区、边远贫困地区应当成为中外合作办学的受益地区，但从前面的统计分析已知，国内合作方高校的地域分布东重西轻。东部地区特别是上海、江苏等省、直辖市中外合作办学成绩喜人，西部地区却举步维艰。查阅《2005中国大学指南》可知，西部12个省、自治区、直辖市中，只有广西、四川、云南、贵州有中外合作办学的本专科专业，其余8个省、自治区、直辖市仍然空白。而且，西部地区总共只有12个中外合作办学的本专科专业点，仅占全国240个中外合作办学本专科专业点的5%。究其原因，主要是国外特别是某些OECD国家把教育输出作为营利的重要出口贸易，西部地区、边远贫困地区当然无法成为其教育贸易输出的青睐之地。
4.中外合作办学的学科专业领域错位
我国的政策目标强调社会急需与新兴学科专业应当成为中外合作办学的重要领域，教育部也多次强调，中外合作办学要主动适应我国经济结构的战略性调整、人才市场需求和提高国际竞争能力的需要，以发展高新技术类学科专业和应用型学科专业为重点。但目前中外合作办学的本科专业以经济学门类、管理学门类为主，占专业点总数的49.3%，而社会急需的面向“三农”的农学门类本专科专业点总共只有4个(本、专科各2个)，占合作办学的本专科专业点总数240个的1.7%。即使是工学门类专业，也以计算机类专业为主，共有35个本专科专业点，占工学门类本专科专业点的40%左右，高新技术类的专业(如网络工程专业、数控技术专业等)却寥寥无几。应当指出，经济学类、工商管理类、计算机类专业，由于国内高校纷纷设置，布点已经甚多，不应成为中外合作办学的重点。财经类院校、综合性大学与国外教育机构合作举办经济学类专业、工商管理类专业应当支持，但是理工类本科院校、医农类本科院校也热衷于与国外教育机构合作举办经济学类专业、工商管理类专业，就未必合适。中外合作办学的学科专业重经贸管轻工农医的原因，一是国外合作方热衷于追求经济利益，选择投入少、收益大的所谓“短平快”专业作为合作办学的重点;二是国内合作方由于教育资源匮乏，对于合作举办高新技术类专业心有余而力不足，同时，也出于追求短期经济利益的考虑，乐于合作举办“短平快”的专业。
5.中外合作办学的层次总体上偏低
中外合作办学的国家政策目标指向于高层次的合作。但这个政策目标远远没有达到。一是虽然中外合作举办的研究生教育大多做到了强强合作，如南京大学与美国霍普金斯大学合作举办的中美文化研究中心，南京大学与德国哥廷根大学合作建立的中德经济法研究所，上海交通大学与美国密西根大学共建上海交大机械工程学院，复旦大学与美国华盛顿大学合作举办EMBA(高级工商管理硕士);浙江大学聘请麻省理工学院知名教授孔金欧博士担任国际科学院浙江大学分院院长，聘请柏林工业大学原副校长、著名语言学家施泰恩米勒教授担任浙江大学外国语学院院长等。但这种强强联合的中外合作办学毕竟太少。二是中外合作举办的本专科专业总体上层次偏低，国外一些并不知名也非优质的教育机构对本专科层次的中外合作教育更为积极。对此，台湾交通大学的戴晓霞教授有如下评论：英国在20世纪90年代初期由多元技术学院升格而来的新大学，在开办“在地留学”课程方面非常积极;连那些原本在美国被讥为“文凭工厂”的次级大学也大举招收海外学生;为了赚取外国学生的学费所带来的经济效益，英、澳两国都积极派遣代表到开发中国家招募学生，甚至设立海外分校。中外合作双方若是出于经济利益的追求，就难免出现低层次的合作办学。
