一、发起人持股的转让限制
根据现行《公司法》第一百四十一条规定，“发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让”。而《全国中小企业股份转让系统业务规则（试行）》（以下简称“《业务规则》”）将公司“依法设立且存续满两年”作为申请挂牌的条件之一，若有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的，存续时间可以从有限责任公司成立之日起计算。因此，若挂牌公司股改后未满一年的，发起人所持公司股份不得转让。
二、控股股东和实际控制人持股转让限制
根据《业务规则》第2.8条规定，挂牌公司控股股东和实际控制人直接或间接持有股票转让限制解除规定可简单总结为“两年三批次”。即挂牌公司控股股东及实际控制人在挂牌前直接或间接持有的股票分三批解除转让限制，每批解除转让限制的数量均为其挂牌前所持股票的三分之一，解除转让限制的时间分别为挂牌之日、挂牌期满一年和两年。
需要说明的是，公司股票在挂牌前十二个月以内控股股东及实际控制人直接或间接持有的股票进行过转让的，该股票转让限制解除同样适用“两年三批次”的规定，但主办券商为开展做市业务取得的做市初始库存股票除外。
从上述转让限制规定可以看出，新三板对控股股东和实际控制人股票转让限制较之主板市场而言较为宽松，主板上市公司的控股股东及实际控制人所持股票在公司上市之日起至少锁定三十六个月。
三、控股股东、实际控制人以外的其他股东持股转让限制
对新三板挂牌公司控股东、实际控制以外的其他股东而言持股转让限制而言，《业务规则》并未作出限制规定，即只要该股东并非股份公司发起人或虽作为发起人但股份公司设立已经满一年的，该股东股份转让不受任何限制。与主板上市公司对比而言同样宽松，主板上市公司其他股东股票在公司上市之日起至少锁定十二个月。
四、董监高持股转让限制
对董监高持股转让限制，《业务规则》并未专门作出规定。笔者认为应适用《公司法》第一百四十一条之规定，即：公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五，上述人员离职半年内，不得转让其所持有的本公司股份，公司章程可以对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定。
五、对挂牌前十二个月内增资部分股份的转让限制
对挂牌前十二个月内公司增资部分股份转让是否受到限制，《业务规则》对此未进行明确。但在新三板中关村试点期的“代办系统”业务规则中有明确的限制，根据《证券公司代办转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司股份转让试点办法》第十七条规定：“挂牌前十二个月内挂牌公司进行过增资的，货币出资新增股份自工商变更登记之日起满十二个月可进入代办系统转让，非货币财产出资新增股份自工商变更登记之日起满二十四个月可进入代办系统转让”。由于《业务规则》系在代办系统规则的基础上发展而来，由此可见，该限制规定已经被取消。也即是说挂牌前十二个月内增资部分股份的转让不受限制。
六、外商投资股份公司发起人转让股份限制
外资企业发起人股份的流转也是一个值得关注的问题，目前各地商务审批部门对于外商投资股份公司的法律适用多以原对外贸易经济合作部《关于设立外商投资股份公司若干问题的暂行规定》（对外贸易经济合作部令[1995]第1号，以下简称《暂行规定》）作为审批的主要依据。根据《暂行规定》第八条规定，“发起人股份的转让，须在公司设立登记3年后进行，并经公司原审批机关批准”。如前所述，《业务规则》对于发起人股票锁定期没有规定，仍然应当遵守《公司法》一年转让限制期限的规定。由此可见，对外资企业在新三板挂牌后其发起人的股份转让限制，目前存在法律适用的选择问题。
笔者认为，应当适用《公司法》第一百四十一条对股份公司发起人股份的限售期为一年而非《暂行规定》中的三年的规定。理由如下：首先，现行《公司法》系2013年修订后施行，根据“新法优于旧法”的原则，应当适用《公司法》的规定。其次，《暂行规定》仅作为部门规章，而非法律，所以不适用“特别法优于一般法”的原则。根据《公司法》规定“外商投资的股份有限公司适用公司法；有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定”。但作为规范外商投资的《中外合资经营企业法》、《中外合作经营企业法》、《外资企业法》并未规定外商投资企业可采取股份有限公司形式，也就没有关于股份有限公司股票限售期的规定。作为部门规章的《暂行规定》显然不能作为特别法。
七、挂牌公司发行新股的转让限制
对于挂牌公司发行新股的转让限制，除了遵守前述一般性限制规定外，根据《全国中小企业股份转让系统股票发行业务细则（试行）》第九条的规定，若发行对象承诺对其认购股票进行转让限制的，应当遵守其承诺，并予以披露。
八、并购重组中收购人获得的股份转让限制
新三板挂牌公司作为非上市公众公司，根据《非上市公众公司监督管理办法》第十五条规定，在公众公司收购中，收购人持有的被收购公司的股份，在收购完成后十二个月内不得转让。
九、因非转让原因获得的股票转让限制
对因司法裁决、继承等原因获得的股份，若获得该股份时该股份仍然处于限售期的，后续持有人应继续执行股票限售规定。
