完善监管制度，主要从以下几个方面着手：
首先，须把监管政策与制度安排上升到国家法律层面，加大监管力度。目前，对新三板进行监管的主要政策和法律依据是证监会颁布实施的《非上市公众公司监督管理办法》，以及“股转系统”自行制定的信息披露准则等。
但这些监管政策只是部门规章和业务细则，监督力度远远不够，增加了新三板的系统性风险，不利于投资者利益的保护。为切实有效保护投资人利益，构建一个市场化、持续发展的资本市场，须把监管政策上升到国家法律层面。
一个可供考虑和选择的方案是修改《证券法》，把对证券场外市场的监管，纳入整个资本市场监管体系。另外一个可供选择的路径是，基于新三板在中国多层次资本市场体系里的重要作用，考虑针对新三板的监管制定一部专门的法律。特别强调的是，在交易所市场提倡多年，但一直没有付诸行动的集体诉讼制度应该在新三板试行，切实保护投资人的利益。
其次，借鉴国际经验，完善以自律监管为主的监管制度与框架。目前在新三板的自律监管框架中，证监会出台相关监管政策，由“股转系统”进行一线监管，证券业协会作为自律性组织，没有在其自律性监管框架中充分发挥作用。
新三板目前监管框架的主要弊端在于，“股转系统”集市场运行、业务运行与自律监管三位一体。一方面缺乏公正性和独立性，另一方面，监管资源不足以及监管经验不够丰富。可以借鉴美国NASDAQ的监管经验，NASDAQ并不履行一线监管职能，由SEC授权给FINRA(自律组织金融业监管局)进行一线监管，而SEC自身则对此进行检查，并同时处理特定案件。美国NASDAQ监管经验表明，证券行业协会作为行业自律性组织，因其独立性和公正性，在监管中发挥至关重要的作用。
第三，完善信息披露制度。从以下几个方面完善新三板的信息披露制度：一是要实行差别化信息披露。随着市场分层制度的实施，目前的信息披露制度已经跟不上市场发展需要。市场分层的本质在于风险分层与监管差别化管理。因此，根据不同层级制定不同的信息披露标准已经提到议事日程;二是信息披露内容方面应更加全面清晰。如信息披露不仅包括挂牌公司，也包括做市商的信息披露;不仅包括首次挂牌信息披露，也要包括持续信息披露;三是完善做市商信息披露制度。从做市商交易成交报告制度入手，加强做市商信息披露的监管，推动做市商完整、及时进行信息披露，规避其交易“抢跑”和通过联手垄断价格等损害投资者利益等道德风险行为;四是建立并完善信息披露法律责任体系。明确违规披露的处罚措施和相应主体的法律责任，增加违规披露成本。
