上市费用：与主板、中小板及创业板相比，企业申请在新三板挂牌转让的费用要低得多。新三板上市业务费用分两部份;一部份是交易所收取的费用;一部份是各中介机构收取的费用。费用一般在120 万元左右(依据项目具体情况和主板券商的不同而上下浮动)。目前主要中介机构的总体费用在130万左右。若公司已经完成改制，整体费用可酌减。另外，当地政府对新三板挂牌企业都有财政奖励政策，一般在80-100万元左右。
上市运营成本：在新三板市场挂牌后运作成本每年不到3万元。主要包括以下费用：
(1)信息披露费(深圳信息公司收取)：1万元/年;
(2)监管费(主办报价券商收取)：约2万元/年;
(3)交易佣金：0.15%;
(4)印花税：0;
(5)红利个人所得税：0-10%。
新三板政府优惠政策：
北京：依据《中关村企业改制上市和并购支持资金管理办法》，企业可申请改制资助，每家企业支持30万元，企业进入股份报价转让系统挂牌的可获得30万元资金支持。主办券商推荐的园区企业取得《中国证券业协会挂牌报价文件备案确认函》后，每家券商可获得20万元资金支持。
天津：对在国内三板市场挂牌上市及在天津股权交易所挂牌交易的科技型中小企业，初始融资额超过500万元的，一次性给予50万元专项补贴。股份制改造补贴资金采取后补助方式，对完成股份制改造的科技型中小企业，经公示后，市科委、市财政局给予不超过20万元的资金补贴;区县财政按1：1比例给予配套补贴。
合肥：对完成安徽证监局上市辅导备案的拟上市企业，给予一次性20万元补助;对获得安徽证监局辅导验收报告的拟上市企业，给予一次性30万元补补助;企业进入“新三板”、国内非上市公司股权托管交易市场成功挂牌融资的，给予一次性20万元补助。
宁夏：对2014年、2015年、2016年在“新三板”挂牌的企业，分别给予100万、50万、30万的经费扶持，对在宁夏法人股权交易中心挂牌的前50家企业给予适当经费扶持。
大连：“四板”挂牌企业拟在“新三板”挂牌的，按照确定保荐机构、完成挂牌两个环节分别给予补贴不超过40万元和60万元，转板补贴额度最高为100 万元(与直接申请“新三板”挂牌企业享受的不超过140万元补贴相同)。通过“新三板”成功发行上市的，一次性给予补贴160万元。
郑州：支持企业在新三板挂牌。对成功在新三板挂牌的我区主导产业(汽车及零部件和装备制造)企业，区管委给予一次性奖励80万元;其他产业企业，区管委给予一次性奖励70万元。挂牌企业如从代办系统成功转板，视同在境内外成功上市，管委会按上市支持政策予以差额奖励。
