特许经营合同是建立特许经营法律关系的核心。对特许人来说，特许权是整个特许体系得以发展的根基，如何利用特许经营合同对其进行适当的保护，关系重大。因为，如果没有必要的约束，一旦一家特许店砸了牌子，整个特许经营体系的经营、发展就会严重受挫。对被特许的企业来说，进入特许体系后，企业的命运就和体系的发展息息相关，而且，影响特许者支付多少代价，特许者是否及时提供服务等均依赖于特许经营合同的规定。因此，忽视特许经营合同，不愿订立或不注意合同的条款，对特许者来说，这种错误将是致命的。
1、签约前的告知义务
为保障特许申请者得到相关特许店、总部、特许权的充分信息，以便做出是否加入该特许经营体系的正确判断，总部必须向其提供规定的文件。因为特许经营合同是一个非常专门的合同，且存在着信息非对称性，即总部具有明显的信息优势。根据诚实信用原则，总部有提供相关信息的义务，即对于特许经营申请者是否缔结特许经营合同有着重要判断价值的信息，总部应予提供。提供的时间与提供的内容祥见《商业特许经营管理条例》第21、22条规定。
2、 合同当事人的基本权利和义务
特许者的主要权利：1、为确保特许体系统一性以及产品、服务的一致性，特许者有权对被特许者的经营活动进行监督;2、有权向被特许者收取特许经营权费及各种费用;3、对违反特许经营合同规定，侵犯特许者合法权益，破坏特许体系的行为，有权终止被特许者的特许经营资格。
特许者的主要义务：1、信息披露义务;2、将特许权授予被特许者使用，并提供代表该特许体系的营业象征及经营手册;3、为被特许人提供开展特许经营所必备的销售、业务或者技术的指导、培训及其他服务等。
二、特许者知识产权的法律保护风险
特许者的知识产权是开展特许业务的基石，是构成整个特许权益的重要组成部分。特许者的知识产权包括其拥有商标、商号、商业秘密、专利权、商标权、著作前等权利。因此，为了保护特许者的利益，必须对特许者的知识产权提供充分的法律保障。笔者认为，关于知识产权的保护，鉴于专利权、商标权、著作权的特点及保护的法律都相对完善，重点应放在如何保护特许者的商业秘密权上。因为：首先关于商业秘密的法律不很完善，在实践中很难界定商业秘密的范围，甚至连证明其存在都有相当的困难;其次，商业秘密的特点决定了必须对其给于重点保护。商业秘密的存在及价值取决于其秘密性不为人所知。一旦商业秘密“失密”，就进入公知领域，权利人无法收回其商业秘密，损失将无可弥补。[page]
因此对于商业秘密的保护可从下列两方面着手：
A、 合同法上的保护。笔者认为，合同法应当确认特许经营合同中当事人关于商业秘密保护约定的法律效力。商业特许经营合同的本质是一中契约关系，根据合同自由的原则，权利人为了保护自己的商业秘密，当然可以在合同中做出详尽规定，使之成为受许方的一种约定义务。
B、 反不正当竞争法上的保护。侵犯商业秘密是反不正当竞争法所禁止的不正当竞争行为之一。该法规定了商业秘密的定义、构成、并列举了几种侵犯商业秘密的行为，并规定侵权人应承担的法律责任(行政责任、民事责任、刑事责任)。
