在人民法院审理涉及关联交易的案件中，由于以往立法存在空隙，所以审理难度较大，执行中亦出现不少盲点，尚需深入探索。其中，如何证实违法关联交易是审理涉及关联交易案件的切入点和关键。 修正后的公司法第21条明确规定："公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害公司利益。"这一规定确立了规制关联交易的法律基础和原则，概括说明了合法关联交易和违法关联交易的界限。即"损害公司利益"是违法关联交易的根本标准：如果是合法的利用关联交易，没有损害公司的利益，给公司创造财富，那就是合法关联交易;如果是利用不当的关联关系，损害公司利益，就是违法关联交易。
实践中，违法关联交易损害的不仅仅是公司的利益，损害公司少数股东的利益，损害公司债权人的利益的关联交易也大量存在，也属于违法关联交易的范畴。司法实践中，判断关联交易行为是否合法，可以根据以下几个方面：
1、关联交易是否违反法律规定的程序要件。程序要件是关联交易行为过程方面的法律要求，为了制约关联交易中的违法行为，各国对关联交易的行为过程都规定了程序方面的条件，即关联交易的披露和批准制度。
关联交易的信息披露制度，即在公司间形成关联关系的过程中，关联公司应当向被关联公司为公告，使后者知晓公司股份持有情况的变化。 充分的信息披露虽然是保障关联交易公正与公平的关键，但是披露与否与关联交易的实质上是否公平、是否公正，并无必然的法律联系，也就是说，即使对关联交易未履行披露义务，也不必然因此而导致关联交易行为归于无效。
关联交易的批准制度则与披露制度不同，各国公司法都对公司关联交易的批准作了规定，即对公司的关联交易行为需要特殊的批准，尤其是公司股东会和董事会的批准，关联交易才能够进行并具有法律效力，否则归于无效。
2、关联交易行为是否违反法律和行政法规的规定。如果关联交易本身即违反了法律和行政法规的禁止性或强制性规定，则该关联交易行为明显即为违法关联交易行为，如公司董事、高级管理人员违反公司章程的规定或者未经股东会、股东大会同意，与本公司订立合同或者进行交易的行为，明显违反公司法的规定而为违法关联交易行为;更为明显的，再如公司关联人之间的毒品买卖行为，无论在何种条件下，均为违法甚至是犯罪行为。
3、交易动机是否存在恶意。动机，是推动人从事某种行为的念头。 念头是思想意识形态的东西，虽然不好把握，但可以根据关联人的行为来进行判断。这实际是民法中善意与恶意的判断标准。关联交易实际涉及着关联人的利益，在交易时难免会有关联人违反交易义务的情况。司法实践中，应当根据关联交易人交易行为体现出来的交易目的是否正当、交易动机是否出于诸如操纵市场、转移利润或财产、虚假报表、逃避税收等恶意来判断关联交易的合法性。
4、关联交易本身是否违反常规。所谓违反常规交易，即依商业交易习惯，交易条件明显不当。违反常规交易经常表现为掠夺性交易，常见类型是关联公司之间商品、服务或股票、资产的销售、转让或交易价格，明显地低于国际或国内市场上正常合理价格的;关联公司之间相互融资而不计收利息的;违反公司章程规定提供担保;关联公司之间借贷款项，以明显低于融资成本之利率计收利息的等。
主要问题在于，如何认定交易行为是否属于非常规的交易行为?这确实是很难判断的。“在这方面，特拉华州的法律是最明确的，它规定由法院对股份进行估价，决定其公平价格。”“也就是说，估价给予了所有投资者一个底价。” “这一‘底价’条款，贯彻了福利经济学的帕累托原则：通过确保任何一方都不会因为公司控制权的交易而使其处境恶化，从而以此提升交易的价值。” 司法实践中，如何评估其交易价格，需要履行什么程序，如果没有一个公平、科学的评估机制，任由交易双方自己确定一个中介机构评估出他们需要的结果，必然损害公司及债权人利益。为此，人民法院应当参照市场交易惯例，并参考审计、评估等专业机构的鉴定意见。
在关联交易本身是否违反常规这方面，我们还要注意根据交易结构关联交易人的交易行为是否给公司带来现实的或明显可能发生的损失来进行判断。尤其是明显可能发生的损失需要特别注意。
