一、清算组成员的指定问题
到法院申请强制清算的案件一般都是股东之间矛盾分歧意见大，因此，案件到法院，首先面临的问题就是清算组成员的制定问题。根据最高人民法院《关于适用公司法若干问题的规定(二)》第8条规定，人民法院受理清算案件，应当及时指定清算组成员。清算组成员可以从下列人员或者机构中产生：公司的股东、董事、监事、高级管理人员;依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等中介机构;依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等中介机构中具备相关专业知识并取得执业资格的人员。最高院2009年的《清算纪要》进行补充规定，公司股东、董事、监事、高级管理人员能够而且愿意参加清算的，人民法院可优先考虑指定上述人员组成清算组;上述人员不能、不愿进行清算，或者由其负责清算不利于清算依法进行的，人民法院可以指定《人民法院中介机构管理人名册》和《人民法院个人管理人名册》中的中介机构或者个人组成清算组。
不管是公司解散清算还是破产清算的审理，起关健作用的都是清算组。公司法相关规定，在清算组成员存在违法行为或严重损害公司、债权人利益时，法院可以根据债权人、股东的申请或依职权更换清算组成员。清算组成员因故意或者重大过失给公司或者债权人造成损失的，应当承担赔偿责任。法律规定的这些对清算组的监督、制约机制在实践中很难实施，毕竟一旦发生这种情况，将引发新的诉讼凸增工作量的甚至使清算案成为“半拉子”工程。因此，制度预防比制裁措施更重要。在指定时，分三类人员组成，股东、高级管理人员和中介机构组成为佳，以实现相互监督制约。
二、清算程序可参照破产程序又别于破产程序
《清算纪要》规定，强制清算程序可以参照破产程序进行。解散清算与公司破产清算虽然都是公司退出市场的法定程序，属于非诉案件，但两者在法院处理过程中，还是存在很大不同。一是导致清算的原因不同。公司解散清算的原因包括：营业期限届满、公司章程规定的解散事由出现、股东会决议解散、被吊销执照或责令关闭等等;破产清算的原因是公司资不抵债，不能清偿到期债务，即资产不足以清偿全部债务或明显缺乏清偿能力。二是清算程序不同。解散清算按公司法及其解释规定程序进行，具有很大任意性，可以由公司自行清算，也可以在公司无法自行清算时由债权人或股东向法院提请强制清算;破产清算要严格依照企业破产法的程序进行，具有很强的规范性和强制性。三是清算过程中异议产生的原因及法院处理的侧重点不同。破产清算由于是资不抵债，没有剩余资产可供分配，因此股东之间没有利益冲突，主要保护的是债权人的利益，法院通常处理纠纷的侧重点就是平衡债权人之间的利益。解散清算，因债权人的利益均能得到有效保护，不存在资不抵债问题，他们之间基本没有利益冲突，而股东因牵涉剩余财产的分配，所以在股东与公司之间、股东与债权人之间、股东与股东之间存在直接的利益冲突。因此，清算过程中自始至终都存在着各利益主体较为突出的利益纠纷。为此，在强制清算中要以充分保护债权人利益为出发点做出变通处理，同时遵循“公司意思自治”原则，毕竟公司的事只有股东最清楚，公司的责任也只有股东来承担。从另一方面讲，这也是在当前体制下法院受理强制清算案的一种妥协。
三、清算费用及清算组报酬应当事前先预收全部或部分
清算过程中产生的各种费用如公告费、审计费、评估费、财产看管费、车旅费等都是财产变现后才支付。如果案件审理中途出现无法继续清算的现象，或清算成为半拉子工程，清算组清算过程中所产生的清算费用和清算组的报酬如何支付?清算目的没实现反而引起一大堆纠纷。由于当前的法律及司法解释对强制清算纠纷案件中清算过程中清算费用、清算组报酬如何保障没有明确规定，导致实践中存在很多问题。如果是由清算组直接先行处置公司资产或直接支配公司资金来解决，采取什么样的监督机制来防止公司资产的流失?如硬性从公司资产中拨付，势必引发债权人的异议，产生新的纠纷。为此，应当在立案时，除收取案件受理费外，合理预收清算费用(可由清算组进行预算，包括部分报酬)，在清算工作进行过程中，清算组开展工作所需费用，通过法院审核后从预收的清算费用中支付。清算工作结束后，如有剩余，则一并计入公司资产，这样可以避免清算组直接处置公司财产带来的一系列问题，又可以防止一旦出现清算中止情况后产生的经济纠纷。
此外，由于立法规定尚不完善，对股东怠于清算的法律责任没有明确规定，实践中造成股东故意拖延清算时间，对账册整理不到位等现象很多，从而引发矛盾很多，法院受理强制清算，一开始就充满矛盾的“硝烟”。
