由于破产重组涉及到方方面面利益关系的调整，由于传统体制遗留下来的各种深层次矛盾尚待解决，这使得我们在实施破产重组的过程中难免存在各种各样的问题：
1、今年来，国有大中型企业亏损增多，但进入破产程序的很少。因为破产重组在国有大中型企业中实施，面临的不是集体企业或小型国有企业破产的浅层次问题，而是关系到结构调整、资产处理、债务清偿、劳动就业和社会救济等一系列深层次问题。
2、借破产之名行废债之实，是企业破产重组实施过程中存在的主要问题。在实践中，除依法进行破产重组的，更多的是以其他破产方式来进行的。通过这些方式进行的破产重组，旧的企业并未真正消亡，仍在旧的生产方式、技术手段和经营方式下，生产旧的产品。唯一的变化是原企业欠银行的债务被一笔勾销。
3、大量非法、违法的破产行为的存在。《企业破产法》规定，破产需要有债权人或债务人申请，法院受理才能成立，但是我国企业破产大多是由当地地方政府下指令，通过行政方式干涉企业破产。
4、进行破产重组的企业员工难以安置。由于我国社会保障制度改革滞后，各地养老、失业保险金的积累水平较低，难以满足大量破产企业职工安置的需要。另外，我国国有企业的总体富余人员已达30%左右，企业自身难以消化，没有接受失业职工的能力。
5、与破产相关的法律法规不完善。1986年颁布的《企业破产法》对规范企业破产起到了重要的作用。但是随着市场经济体制逐步建立，企业改革的不断深入、宏观和微观环境都发生了很大的变化，但《企业破产法》一直没有正式修订，也没有制定实施细则，使操作比较困难。难以适应市场经济发展的要求，影响了企业破产制度的有效运作。
