在现实经济生活及法律适用中，由于观念上存在将票据关系无因性绝对化的倾向，致使票据关系无因性这项原则的实际作用呈现出二重性：即在促进票据流通的同时，也出现了一定程度的不合目的性;既为合法持票人提供了保护伞，也可能成为欺诈者的护身符。票据关系无因性原则的正义与自身存在的价值受到以下三方面的挑战。
1、对票据债务人有失公正从法律上说，票据债务人清偿票款的义务乃基于自身的票据行为，但票据行为如同其他法律行为一样并非空中楼阁，它须根植于现实经济生活之中，所以说，票据行为只是一种特殊的民事法律行为。然而，票据关系无因性在赋予票据权利人各种防护措施时，却没有为票据债务人的意思实现设置有效机制，因而使法律关系当事人的权利义务失衡。在实践中，票据权利人常选择与自己无原因关系的票据债务人清偿票款，而依据无因性机制下的抗辩规则，票据债务人不能采用自己与出票人或者与持票人的前手间的抗辩事由，也不能采用持票人的前手与持票人之间的抗辩事由对抗持票人;⑤在背书的链条足够长时，票据债务人须举证证明恶意抗辩成立的主张也难以获得支持。这样，一旦票据债务人不能实现原因关系中的债权，必将蒙受重大经济损失。可见，票据关系无因性偏袒于对票据权利人的保护，忽视了票据债务人的利益。
2、为权利滥用创造了机会尽管持票人依据票据关系享有票据权利，但他可能并非实质上的权利人，或者实质权利已存在巨大风险;而票据关系无因性却可能使不享有实质权利之人获取某种利益，或将原因关系中的债权风险转嫁给票据债务人。于是，某些持票人的贪婪意念滋生，并渗透到票据权利的行使过程中去，他们设法使自己与票据债务人之间的原因关系断裂;他们也可能利用法院分案处理票据案件与民事案件的时间差，获得占用巨额资金的收益。票据关系无因性本来是保护善意持票人的，现在却可能被某些“精明”的持票人用作达到某种非法目的的手段。他们将无因性作为护身符，从事有利于自身利益的不正当交易，或者从事各种欺诈行为，套用银行资金，规避公法义务，进行套汇甚至洗钱。凡此种种，都将损害票据的信用功能，使社会信用受到挑战。
3、增加票据的使用成本。
在实际生活中，票据债务人一般包括银行等金融机构和商事企业。前者多为票据承兑人或付款人，它们从事票据业务的动机，是通过提供有偿金融服务实现营利。后者多为票据出票人或受让人，它们以票据作为支付手段和信用手段，为自己的商事交易提供资金保障。在票据关系无因性机制的作用下，持票人付款请求权实现后，对银行来说，它只能通过票据外关系向与自己有资金关系或承兑协议的出票人求偿，或向持票人主张付款无效追回相应款项。较之票据法上的救济，票据法外的救济费时、费力且费用较高，这将会增加银行的服务成本，甚至有可能使服务成本高于服务价格，其结果只会导致银行减少或放弃提供这种金融服务。而对普通商事企业来说，它要为票据的使用提供更多的成本价格，从而会压制其对票据的需求。这样一来，票据这种资源就会不断萎缩直至退出社会经济生活，人们只能更多地使用流通货币即现金进行商事交易，这对社会经济的发展无疑会起到阻碍作用，甚至是对社会经济发展的一种反动。
