身份认证管理功能
电子商业汇票系统应具备识别接入点银行身份的功能，以确保银行业金融机构(以下简称商业银行)行内系统与电子商业汇票系统之间各类业务活动的不可否认性、数据完整性及传输保密性。
电子商业汇票系统的身份认证管理功能以接入点银行准入、退出管理规则为依据，以接入点数字证书的新增、变更、废止为手段，包括依据规定受理接入点银行申请，进行接入点信息维护等具体事项。
数据信息交换功能
通过电子商业汇票系统与商业银行行内系统及其它相关系统的连接，以电子商业汇票系统作为数据信息接收验证、登记存储、发送或转发的“中介”，实现电子商业汇票业务、纸质商业汇票登记查询业务和商业汇票公开报价业务的数据信息在不同商业银行之间的“互联互通”，实现电子商业汇票资金清算数据在本系统与支付系统之间的传递。
登记、存储功能
电子商业汇票系统能够对每一笔电子商业汇票的票据行为、融资行为、结算行为和纸质商业汇票票面内容及流转过程等信息进行登记，并在数据库中存储。
统计监测功能
电子商业汇票系统能够根据集中登记存储的纸质商业汇票和电子商业汇票信息，定期或不定期按出票人(或承兑人)、业务种类、行别、地区统计相关业务量及业务明细情况;能够为中央银行的票据信用管理、反洗钱、征信等相关工作提供基础数据;能够根据预先设定的可疑或异常票据业务参数，监控可疑或异常票据业务;能够根据临时或特殊需要产生特定用途的统计或监测报表。
业务计费功能
为适应收费管理的各种需求，系统应提供灵活的计费功能，计费标准实行参数化管理，根据管理需要进行设置。
